违法建筑的认定依据及程序可以归纳为以下几个方面：
一、违法建筑的认定依据
规划许可方面：
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》，在城市、镇规划区内进行建设，必须取得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证。未取得或未按照许可证规定进行建设的，均属于违法建筑。
- 具体情形：包括未申请或申请未获得批准、擅自改变建设工程规划许可证的规定、擅自改变使用性质等。
土地用途方面：
- 法律依据：依据《中华人民共和国土地管理法》，土地的利用必须符合土地利用总体规划，且不得擅自改变土地使用性质。
- 非法占地情形：未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地进行建设的，所建建筑通常会被认定为违法建筑。
施工许可方面：
- 补充要点：除规划许可外，建筑物的施工还需取得建筑工程施工许可证或开工报告批准。
- 违规施工后果：未取得施工许可或开工报告未经批准擅自施工的，同样可能被视为违法建筑，并面临相应的法律处罚。
其他相关法律法规：
- 具体依据：如《水法》、《公路法》、《铁路法》、《民用航空法》、《文物保护法》、《环境保护法》、《港口法》、《防洪法》等，这些法律从不同角度对相关建筑物、构筑物的建设作出了限制性规定，也是认定违法建筑的法律依据。
二、违法建筑的认定程序
调查取证：
- 执法人员应向当事人出示证件，全面、客观、公正地收集有关证据，包括现场勘查、询问当事人、查阅相关文件等，并制作笔录。
告知权利：
- 在认定过程中，应保障当事人的知情权，告知其享有的权利和应承担的义务，如陈述、申辩、申请听证等。
听取陈述和申辩：
- 执法机关应充分听取当事人的陈述和申辩，确保处理决定的合法性和合理性。当事人有权对认定的事实、证据和法律依据提出异议。
作出决定：
- 根据调查结果和法律规定，执法机关应作出相应的处理决定，如责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除、没收实物或违法收入等，并依法送达当事人。
特别程序：
- 对于涉及重大公共利益或当事人权益的违法建筑认定，可能还需要经过听证、复议等程序，以确保程序的公正性和透明度。
三、实际应用中的注意事项
综合判断：
- 在认定违法建筑时，应综合考虑规划许可、土地用途、施工许可等多个因素，确保认定结果的准确性和合法性。
程序合法：
- 认定程序必须严格遵循法定程序，确保公正、公开。任何违反法定程序的行为都可能导致认定结果无效。
当事人权益保障：
- 在认定过程中，应充分保障当事人的合法权益，如知情权、陈述权、申辩权等。当事人对认定结果有异议的，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。
举例说明：
假设某市民在城市规划区内未经批准擅自建设了一栋房屋，执法机关在调查取证后，发现该房屋未取得建设工程规划许可证，且违反了城市规划的相关规定。执法机关在告知当事人权利并听取其陈述和申辩后，依法作出了限期拆除的决定，并送达了当事人。这就是一个典型的违法建筑认定及处理程序。
总结与建议：
违法建筑的认定是一个综合性的法律判断过程，涉及多部法律法规和多个认定因素。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规的规定，确保认定程序的合法性和公正性。如果您对违法建筑的认定或处理有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。