结论：在起诉离婚过程中，两个孩子都想跟着妈妈，写意愿书是可以的，但意愿书本身并不直接决定抚养权的归属，法院会综合考虑多种因素来做出判决。
分析说明：
意愿书的作用：
- 意愿书是孩子表达自己意愿的一种方式，可以反映孩子对于跟随哪一方生活的真实想法。
- 在离婚诉讼中，法院会重视孩子的意愿，尤其是当孩子达到一定年龄（通常认为是8周岁以上）时，其意愿可能会成为法院判决抚养权归属的重要参考。
法院判决抚养权的考虑因素：
- 孩子的年龄：年龄较小的孩子可能更需要母亲的照顾，而年龄较大的孩子则可能更注重自己的意愿和选择。
- 孩子的性别：在某些情况下，孩子的性别也可能成为法院考虑的因素之一，例如，女孩可能更倾向于与母亲生活。
- 父母的经济状况：法院会考虑父母双方的经济能力，以确保孩子能够得到良好的生活和教育条件。
- 父母的教育背景和生活环境：父母的教育背景和生活环境也会影响孩子的成长，法院会倾向于选择能够提供更好成长环境的父母一方。
- 孩子的意愿：如前所述，孩子的意愿是法院判决抚养权归属的重要参考，尤其是当孩子达到一定年龄时。
意愿书的法律效力：
- 意愿书本身并不具有法律效力，它只是孩子表达自己意愿的一种方式。
- 法院在判决抚养权归属时，会综合考虑所有相关因素，包括孩子的意愿、父母的经济状况、教育背景等，而不仅仅是依据意愿书。
特殊场景：
- 如果孩子年龄较小，可能无法准确表达自己的意愿，或者其意愿可能受到父母一方的影响，此时法院可能会更加谨慎地考虑孩子的意愿。
- 如果父母双方的经济状况、教育背景和生活环境相差不大，孩子的意愿可能会成为决定抚养权归属的关键因素。
行动建议：
- 准备意愿书：如果孩子愿意表达自己的意愿，可以准备一份意愿书，并尽量确保意愿书是孩子真实意愿的反映。
- 收集其他证据：除了意愿书外，还应收集其他能够证明自己适合抚养孩子的证据，如经济状况证明、教育背景证明、生活环境证明等。
- 寻求法律帮助：在离婚诉讼过程中，可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己和孩子的权益。
后续思考：
- 在准备意愿书时，应确保孩子是在自愿、无压力的情况下表达自己的意愿。
- 除了意愿书外，还应关注其他可能影响法院判决的因素，并积极准备相关证据。
- 在离婚诉讼过程中，保持冷静和理性，以更好地应对各种挑战和困难。
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