结论：基层法律服务所收取代理费未入公户但事后开具发票，该收入是否认定为违法所得，需结合具体情况判断，若存在逃避税收监管、侵占单位财产等违法行为，则可能被认定为违法所得；若仅是财务流程不规范，则不一定构成违法所得。以下从不同角度进行分析：

一、从税收监管角度分析

1. 税收违法性：

   • 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，纳税人应按照规定设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算，并如实申报纳税。若基层法律服务所收取代理费未入公户，可能存在逃避税收监管的嫌疑，如未将该收入纳入税务申报范围，从而少缴或未缴应纳税款。
   • 在此情况下，税务机关有权对未入账的收入进行税务稽查，并要求补缴税款、滞纳金及罚款。若该收入被认定为逃避税收监管的所得，则可能被视为违法所得。

2. 事后开具发票的影响：

   • 事后开具发票本身并不改变收入未入公户的事实，也不直接决定该收入是否违法。发票是交易双方确认交易行为和金额的凭证，但开具发票并不等同于合法纳税。
   • 若事后开具发票是为了掩盖逃避税收监管的事实，或发票内容与实际交易不符，则可能构成虚开发票等违法行为，进一步加重违法性质。

二、从单位财务管理角度分析

1. 财务流程不规范：

   • 若基层法律服务所因内部管理不善、财务流程不规范等原因，导致代理费未入公户，但事后及时开具了发票，并进行了正确的会计处理和税务申报，则该行为可能仅构成财务流程上的瑕疵，而不一定构成违法所得。
   • 在此情况下，单位应加强内部管理，完善财务流程，确保所有收入均纳入公户管理，并依法纳税。

2. 侵占单位财产：

   • 若基层法律服务所的工作人员利用未入公户的便利，将代理费据为己有或挪作他用，则可能构成侵占单位财产等违法行为。
   • 在此情况下，该收入不仅可能被视为违法所得，还可能涉及刑事责任，如职务侵占罪等。

三、法律建议

1. 合规经营：

   • 基层法律服务所应严格遵守税收法律法规和财务管理制度，确保所有收入均纳入公户管理，并依法纳税。
   • 加强内部管理，完善财务流程，防止因管理不善导致的违法行为。

2. 及时整改：

   • 若已存在未入公户但事后开具发票的情况，应尽快进行整改，补缴税款、滞纳金及罚款（如适用），并完善相关会计处理和税务申报。
   • 对涉及的工作人员进行严肃处理，防止类似情况再次发生。

3. 咨询专业意见：

   • 若对具体法律问题存在疑问或不确定如何处理，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。

总结：基层法律服务所收取代理费未入公户但事后开具发票，该收入是否认定为违法所得需结合具体情况判断。若存在逃避税收监管、侵占单位财产等违法行为，则可能被认定为违法所得；若仅是财务流程不规范，则不一定构成违法所得。建议基层法律服务所加强合规经营和内部管理，确保所有收入均依法纳税和管理。