“小三”怀孕后能否起诉男方以及能主张哪些权利，需根据具体情况和诉求来判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、民事权益方面
抚养费支付
- 如果孩子出生且确系男方的子女，根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条的规定，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，不直接抚养非婚生子女的生父或生母应负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。因此，“小三”作为孩子的母亲，有权以孩子的名义起诉男方，要求支付抚养费。但需注意，必须提供亲子鉴定等充分证据证明男方与孩子的亲子关系。
相关费用补偿
- “小三”因怀孕产生的医疗费用（如产检费、人流手术费等）和营养费等合理支出，若这些费用是因与男方的关系直接导致的，可以起诉男方要求其分担部分费用。但同样需要提供充分的证据证明费用的合理性和关联性。对于所谓的“青春损失费”等没有明确法律依据的赔偿请求，法院一般不会支持。
身体损害赔偿
- 若“小三”因怀孕导致身体受到损害，如引发疾病等，且能证明损害结果与男方行为之间存在因果关系，她可以基于侵权责任向男方主张赔偿。
二、刑事权益方面
重婚罪
- 如果男方在有配偶的情况下与“小三”以夫妻名义共同生活，并且“小三”对此明知，双方都可能涉嫌重婚罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百五十八条的规定，有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。“小三”可以收集相关证据向法院提起刑事自诉，追究男方重婚罪的刑事责任。若“小三”不知男方有配偶而与其以夫妻名义共同生活，则不构成重婚罪，但可以向公安机关报案，由司法机关追究男方的刑事责任。
强奸罪
- 若男方违背“小三”意志，使用暴力、胁迫等手段与之发生性关系导致怀孕，则男方可能构成强奸罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百三十六条的规定，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。“小三”可以向公安机关报案，依法追究男方的刑事责任。
三、其他注意事项
- 证据收集：在主张任何权利时，“小三”都需要提供充分的证据来证明其诉求的合理性和合法性。这包括亲子鉴定、医疗费用单据、聊天记录、证人证言等。
- 法律程序：如果涉及刑事犯罪，“小三”应向公安机关报案，由司法机关进行调查和审判。如果涉及民事权益争议，“小三”可以向法院提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。
- 道德考量：虽然法律为“小三”提供了一定的保护，但婚外情和未婚先孕等行为在道德上仍然受到谴责。在处理此类问题时，“小三”应充分考虑道德因素和社会影响。
总结来说，“小三”怀孕后能否起诉男方以及能主张哪些权利，取决于具体的事实情况和证据状况。在处理此类复杂问题时，建议你直接向我咨询，以便获取更准确、更全面的法律意见和帮助。