小三怀孕后，不能直接以怀孕为由起诉男方，但可以根据具体情况主张相应的法律权益。以下是对此问题的详细分析：

1. 民事权益：

   • 抚养费支付：如果孩子出生且确系男方的子女，小三作为孩子的母亲，有权以孩子的名义起诉男方，要求支付抚养费。非婚生子女与婚生子女享有同等权利，男方作为孩子的生父，有义务支付抚养费直至子女能独立生活为止。
   • 相关费用补偿：小三因怀孕产生的医疗费用（如产检费、分娩费等）和营养费等合理支出，若这些费用是因与男方的关系直接导致的，且能提供充分证据证明费用的合理性和关联性，小三可以起诉男方要求其分担部分费用。
   • 身体损害赔偿：若小三因怀孕导致身体受到损害，如引发疾病等，且能证明损害结果与男方行为之间存在因果关系，她可以基于侵权责任向男方主张赔偿。

2. 刑事权益：

   • 重婚罪：如果男方在有配偶的情况下与小三以夫妻名义共同生活，并且小三对此明知，双方都可能涉嫌重婚罪。小三可以收集相关证据向法院提起刑事自诉，追究男方重婚罪的刑事责任。
   • 强奸罪：若男方违背小三意志，使用暴力、胁迫等手段与之发生性关系导致怀孕，则男方可能构成强奸罪。此时，小三可以向公安机关报案，依法追究男方的刑事责任。

3. 道德层面：

   • 需要注意的是，虽然法律提供了一定的救济途径，但小三与已婚男方的关系在道德上通常是不被接受的。在处理此类问题时，除了考虑法律权益外，也应关注道德和社会责任。

综上所述，小三怀孕后能否起诉男方以及能主张哪些权利，取决于具体的事实情况和证据状况。如果小三有相关的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供针对性的法律建议和指导。