结论概述：
寻衅滋事案件中，即使对方表示不追究，案件的处理也不会完全取决于对方的意愿。案件是否继续处理，主要取决于公安机关的侦查结果、检察机关的审查起诉决定以及法院的最终判决。以下是对这一问题的详细分析：
一、公安机关的侦查阶段
立案侦查：寻衅滋事案件一旦发生，公安机关会根据相关线索和证据进行立案侦查。这一阶段，公安机关会收集证据、询问证人、调查取证等，以查明案件事实。
对方不追究的影响：虽然对方表示不追究，但这并不影响公安机关对案件的侦查。公安机关的职责是维护社会治安和打击犯罪，不会因为受害人的个人意愿而放弃对案件的调查。
二、检察机关的审查起诉阶段
审查起诉：公安机关侦查终结后，会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关会对案件进行全面审查，包括证据的充分性、犯罪事实的清晰度等。
对方不追究的考量：在审查起诉阶段，检察机关可能会考虑受害人的意见，但这并不是决定性的因素。如果检察机关认为案件证据充分、犯罪事实清楚，即使受害人表示不追究，检察机关仍然可以提起公诉。
三、法院的审判阶段
审判程序：如果检察机关提起公诉，案件将进入法院的审判阶段。法院会依法对案件进行审理，并根据事实和法律作出判决。
对方不追究的判决影响：在审判阶段，受害人的意见可能会作为量刑的参考因素之一，但同样不是决定性的。法院会根据犯罪的性质、情节、社会危害程度等因素综合考量，作出公正的判决。
四、特殊情况下的处理
刑事和解：在某些情况下，如果犯罪嫌疑人积极赔偿受害人损失、取得受害人谅解，并符合其他相关条件，双方可以达成刑事和解。刑事和解后，公安机关可能会撤销案件，检察机关也可能作出不起诉决定。但需要注意的是，刑事和解并不适用于所有寻衅滋事案件，且需要满足一定的条件。
自诉案件：如果寻衅滋事行为构成犯罪，但属于告诉才处理的案件（如侮辱、诽谤等），且受害人没有向公安机关报案而是直接向法院提起自诉，那么案件的处理将取决于受害人的意愿。但这种情况在寻衅滋事案件中较为少见。
五、法律建议
积极配合调查：无论对方是否追究，犯罪嫌疑人都应积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实、提供证据等。
寻求法律帮助：如果面临寻衅滋事的指控或涉嫌犯罪，建议及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
尊重法律程序：案件的处理需要遵循一定的法律程序和时间节点，犯罪嫌疑人应尊重法律程序，不要试图通过不正当手段影响案件的处理结果。
总结与启示：
寻衅滋事案件中，对方不追究并不意味着案件就会自动了结。案件的处理取决于公安机关的侦查结果、检察机关的审查起诉决定以及法院的最终判决。因此，无论面临何种情况，都应尊重法律程序、积极配合调查，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。