在劳动仲裁开庭时，被申请人的证据可以是一份一份进行质证，也可以根据仲裁庭的决定，在举证后一并质证。以下是对这一问题的详细解释：

质证程序的具体流程

1. 质证的启动与准备：

   • 仲裁庭会宣布进入质证环节，并明确告知双方当事人质证的目的、要求和程序。
   • 当事人在开庭前应按要求提交证据材料，并进行分类、编订，附上证据目录清单及简要说明，以便质证时能够有序进行。

2. 证据的出示与质证：

   • 通常由申请人先出示证据，并逐一说明证据的名称、来源、内容及欲证明的事项。
   • 被申请人随后对申请人出示的证据发表质证意见，这包括围绕证据的真实性、关联性、合法性进行质疑、说明与辩驳。在此过程中，被申请人可以一份一份地对申请人的证据进行质证，也可以根据仲裁庭的决定，在申请人举证完毕后，对所有证据一并发表质证意见。
   • 如果有第三人参与仲裁，第三人也需在相应环节出示证据并接受质证。

3. 质证方式的选择：

   • 质证方式可由仲裁庭根据案件实际情况决定。仲裁庭会考虑案件的复杂程度、证据的数量和种类、双方当事人的意见等因素，来决定是采用一证一质的方式还是举证后一并质证的方式。

质证时的注意事项

1. 真实性：在质证过程中，要审查证据是否真实存在，有无伪造、篡改。对于被申请人来说，需要仔细核对申请人提交的证据，确保其真实性。

2. 关联性：判断证据与案件争议焦点之间的内在联系，能否对案件事实起到证明作用。被申请人需要指出申请人的证据与争议事项之间的直接关联，或者说明其证据与争议事项无关。

3. 合法性：审查证据的收集方式、来源及形式是否符合法律规定。对于非法获取或形式不符的证据，被申请人应明确指出其违法性并要求仲裁庭不予采信。

质证程序的意义

质证程序是劳动仲裁开庭审理过程中的核心环节之一，它关乎案件事实的查明与证据的证明力确定，直接影响裁决的公正性。通过质证程序，仲裁庭可以充分听取双方当事人的意见和证据，全面、客观地了解案件事实，从而作出公正、合理的裁决。

建议：在劳动仲裁开庭前，被申请人应充分准备质证材料，对申请人的证据进行仔细分析，并准备好质证意见。在质证过程中，要保持冷静、客观，遵循仲裁庭的引导，避免恶意攻击或无关紧要的辩论。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。