结论：一般情况下，若施工协议中明确注明了纠纷由对方法院管辖，在本地法院通常不能起诉，但存在一些例外情况。

分析说明：

1. 协议管辖的效力：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
   • 如果施工协议中明确约定了纠纷由对方法院管辖，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的，对双方当事人具有约束力。

2. 本地法院起诉的限制：

   • 在协议管辖有效的情况下，如果施工协议中明确指定了对方法院作为纠纷解决地，那么本地法院通常不会受理该案件，因为这违反了双方当事人的协议管辖约定。
   • 本地法院在受理案件时，会审查案件是否属于其管辖范围，如果发现案件属于其他法院管辖，且存在有效的协议管辖约定，本地法院会裁定不予受理或者将案件移送至有管辖权的法院。

3. 例外情况：

   • 协议无效或可撤销：如果施工协议中的管辖约定存在无效或可撤销的情形（如一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的管辖约定），那么该约定可能不会被法院认可，此时本地法院可能具有管辖权。
   • 对方未提出管辖异议：如果对方在答辩期内未对管辖权提出异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权，但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。不过，这种情况并不改变协议管辖的效力，只是对方放弃了提出管辖异议的权利。
   • 紧急情况下的临时措施：在紧急情况下，为了保护当事人的合法权益，本地法院可能采取临时措施（如财产保全、证据保全等），但这并不意味着本地法院对案件具有最终的管辖权。

行动建议：

• 审查施工协议：首先，仔细审查施工协议中的管辖约定，确认其是否明确、有效，并了解对方法院的具体信息。
• 评估例外情况：如果认为存在协议无效、可撤销或对方未提出管辖异议等例外情况，可以咨询专业律师进行评估。
• 选择合适的诉讼策略：根据评估结果，选择合适的诉讼策略。如果协议管辖有效且无例外情况，应考虑向对方法院提起诉讼；如果存在例外情况或希望争取本地法院的管辖权，可以咨询律师并准备相应的法律文件和证据。

后续思考依据：

• 在处理此类纠纷时，应充分考虑协议管辖的效力以及可能存在的例外情况，以便制定合适的诉讼策略。
• 如果对协议管辖的效力或例外情况存在疑问，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。