结论：保险公司是否先扣除车主损失再赔付非机动车损失，不能一概而论，需分情况讨论，具体如下：

1. 交强险赔付情况：

   • 交强险是强制性的责任保险，其赔付原则具有无过错性，即只要发生交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失，保险公司就应在责任限额内予以赔偿，不涉及先扣除车主损失的问题。
   • 在交强险的赔付范围内，非机动车的损失会优先得到赔付，且赔付金额不超过交强险的分项责任限额（如财产损失赔偿限额通常为2000元）。如果非机动车的损失在这个限额内，保险公司会直接赔付给非机动车方，不会先扣除车主的损失。

2. 商业险赔付情况：

   • 商业险的赔付则更多依赖于保险合同的约定以及事故责任划分。如果车主购买了第三者责任险等商业险种，且事故责任在车主一方，那么保险公司会根据合同约定对非机动车的损失进行赔付。
   • 在商业险赔付过程中，如果车主也存在损失（如车辆维修费用等），且这些损失也属于保险赔付范围，保险公司通常会根据事故责任比例和保险合同约定，分别计算车主和非机动车方的损失，并按照一定的顺序进行赔付。但并非绝对先扣除车主损失再赔付非机动车损失，而是会根据具体情况进行综合考量。
   • 如果保险合同中有特别约定，比如设定了免赔额、赔付比例或者赔付顺序等，那么保险公司的赔付行为就会受到这些约定的限制。在这种情况下，是否先扣除车主损失再赔付非机动车损失，就需要具体查看保险合同的条款了。

3. 车主自身责任与保险赔付的关系：

   • 车主自身的损失（如车辆维修费用、医疗费用等）通常需要通过车损险、车上人员责任险等商业险种来获得赔付，或者由车主自行承担（如果未购买相应险种或不在赔付范围内）。
   • 在处理交通事故时，车主和非机动车方的损失是分别计算的，不会因为一方有损失就影响另一方的赔付。保险公司的赔付行为也是基于事故责任和保险合同约定来进行的，不会随意改变赔付顺序或金额。