结论：只经过主管部门分管领导同意而变更民办非企业法人，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，但通常情况下，仅分管领导同意并不足以构成合法的变更程序，可能构成违法。以下从不同角度进行分析：
一、法律程序要求
法定变更程序：
- 根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》等相关法律法规，民办非企业单位的变更（包括法定代表人变更）通常需要经过一系列法定程序，如召开理事会或董事会会议、形成变更决议、向登记管理机关申请变更登记等。
- 仅凭主管部门分管领导的同意，并不符合这些法定程序要求，因此可能构成违法变更。
内部决策机制：
- 民办非企业单位作为独立的法人实体，其内部决策应遵循章程规定的程序。如果章程规定变更法定代表人需要经过特定机构（如理事会或董事会）的决议，那么仅分管领导同意显然不符合章程要求。
二、主管部门角色与权限
主管部门的角色：
- 主管部门在民办非企业单位的管理中主要扮演监管和指导的角色，而非直接决策者。其职责是确保民办非企业单位遵守法律法规和章程规定，而非直接干预其内部事务。
分管领导的权限：
- 分管领导作为主管部门的一部分，其权限通常限于其分管的领域和事项。在民办非企业单位变更法定代表人的问题上，分管领导可能并无直接决策权，其同意可能仅代表个人意见或部门意见，而非主管部门的正式决定。
三、违法后果与风险
登记管理机关的处罚：
- 如果民办非企业单位未经法定程序变更法定代表人，登记管理机关有权责令其改正，并可能处以罚款等行政处罚。
内部纠纷与法律责任：
- 违法变更可能导致民办非企业单位内部出现纠纷，如原法定代表人与新法定代表人之间的权力争夺、利益分配等问题。
- 在极端情况下，违法变更还可能引发法律责任，如因变更程序不合法导致的合同无效、侵权责任等。
四、建议与措施
遵循法定程序：
- 民办非企业单位在变更法定代表人时，应严格遵循法律法规和章程规定的程序，确保变更的合法性和有效性。
加强内部管理：
- 民办非企业单位应建立健全内部管理机制，明确决策程序和责任分工，避免出现违法变更等内部管理问题。
及时咨询与沟通：
- 在变更过程中，如有任何疑问或不确定之处，应及时向登记管理机关或专业律师咨询，确保变更程序的合法性和合规性。
进一步思考：在实际操作中，民办非企业单位变更法定代表人可能涉及多方利益和复杂情况。因此，在变更前应进行充分的沟通和协商，确保各方利益得到妥善平衡和保护。同时，应密切关注相关法律法规和政策的变化，及时调整变更策略和程序，以适应新的法律环境和监管要求。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。