若政府强拆有营业执照的养殖场，养殖场主可采取以下措施维护自身合法权益：

1. 确认强拆行为的合法性

   • 审查强拆依据：首先，需要确认政府强拆行为是否具有合法依据，包括是否依据了有效的法律、法规，是否履行了法定程序。例如，政府是否出具了合法的拆迁决定书、是否进行了公告、是否给予了合理的补偿期限等。
   • 核实程序合规性：强拆行为必须遵循法定程序，包括但不限于通知、听证、补偿协商等环节。若政府未履行这些程序，强拆行为可能构成违法。

2. 收集并保存证据

   • 现场证据：在强拆发生时，尽可能收集现场照片、视频等证据，以证明强拆行为的存在及造成的损失。
   • 文件证据：保存好养殖场的营业执照、土地使用证、建设规划许可证等相关文件，以及政府强拆的相关通知、决定书等文件。
   • 损失清单：详细列出因强拆造成的财产损失，包括养殖设施、牲畜、饲料等，并尽可能提供购买凭证或评估报告。

3. 寻求法律救济

   • 行政复议：若认为政府强拆行为违法，可以在知道该行为之日起六十日内向作出强拆决定的政府的上一级政府申请行政复议。
   • 行政诉讼：若对行政复议结果不满，或政府未在规定期限内作出复议决定，可以在收到复议决定书之日起十五日内，或复议期满之日起十五日内，向人民法院提起行政诉讼。
   • 国家赔偿：若强拆行为被确认违法，且造成了养殖场主的财产损失，养殖场主有权依法申请国家赔偿。

4. 协商与调解

   • 与政府协商：在采取法律手段之前，可以尝试与政府进行协商，寻求合理的补偿方案。协商过程中，可以邀请律师或专业人士参与，以确保自身权益得到充分保障。
   • 第三方调解：若协商无果，可以考虑通过第三方调解机构进行调解。调解机构可以协助双方达成和解协议，避免法律纠纷的进一步升级。

5. 关注政策动态与补偿标准

   • 了解政策：密切关注政府关于养殖场拆迁的相关政策动态，了解补偿标准、安置方案等关键信息。
   • 争取合理补偿：根据政策规定和实际情况，积极争取合理的补偿和安置方案。若认为政府提出的补偿方案不合理，可以通过法律途径进行维权。