在行政诉讼中，政府部门出具的涉案回复书只有公章没有经办人的签名，其合法性需结合具体情况判断，但一般而言，这种形式上的瑕疵可能构成程序违法，但不一定直接导致回复书无效。以下从多个角度进行分析：

一、形式合法性要求

根据行政法的基本原则，行政行为应当具备法定的形式要件，以确保其公开、透明和可追溯性。这通常包括书面决定、加盖公章、执法人员签名、依法送达等。公章是行政机关对外作出行政行为的重要标识，具有确认文件来源和效力的作用。然而，经办人的签名也是行政行为形式合法性的重要组成部分，它有助于确认具体经办人员的身份和责任。

二、程序违法性的认定

1. 一般程序瑕疵：如果涉案回复书仅缺少经办人签名，但其他形式要件（如公章、日期、内容等）均完备，且该瑕疵未对当事人的权利义务产生实际影响，那么这种瑕疵可能被视为一般程序瑕疵，不构成重大且明显违法，因此不一定导致回复书无效。

2. 重大程序违法：如果缺少经办人签名导致无法确认具体经办人员，进而影响到对行政行为合法性的审查或当事人权利义务的确定，那么这种瑕疵可能被视为重大程序违法。根据《行政诉讼法》第七十五条关于“行政行为有重大且明显违法情形”的规定，此类回复书可能被确认无效。

三、司法实践中的考量

在司法实践中，法院在审查行政行为的合法性时，会综合考虑多个因素，包括行政行为的实体内容、程序要件、对当事人权利义务的影响等。对于仅缺少经办人签名的涉案回复书，法院可能会结合具体情况判断其是否构成重大程序违法，并据此作出是否确认无效的裁决。

四、法律建议

1. 对行政机关的建议：行政机关在出具涉案回复书等行政文书时，应严格遵守法定形式要件，确保公章、经办人签名等要素的完备性。这有助于提升行政行为的合法性和公信力，减少不必要的法律纠纷。

2. 对当事人的建议：如果当事人收到只有公章没有经办人签名的涉案回复书，且认为该回复书存在程序违法或影响其权利义务的情况，可以依法向法院提起行政诉讼，请求确认该回复书无效或撤销。在诉讼过程中，当事人应提供充分证据证明回复书的违法性和对其权利义务的影响。

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