当相关单位（如社会团体或企业）已经注销时，其工会法人资格证书的处理确实是一个需要关注的问题。首先，我们要明确的是，工会法人资格证书是工会组织合法存在的法律凭证，它随着工会组织的设立而产生，也理应随着工会组织的注销而终止其法律效力。
对于社会团体而言：
根据《社会团体登记管理条例》及相关注销办事指南，当社会团体决定注销时，需要完成一系列清算工作，包括清理财产、编制财务报表、通知和公告债权人、处理与清算有关的未了结业务、清缴税款、清理债权债务等。在清算结束后，社会团体需要向业务主管单位提交注销申请，并经业务主管单位审查同意后，向登记管理机关提交注销申请文件。这些文件通常包括注销申请、业务主管单位的批复、清算审计报告、清算报告书等。在登记管理机关审查同意并办理注销公告后，社会团体的法人资格即告终止。
对于工会法人资格证书：
虽然直接的注销流程可能并未明确提及工会法人资格证书的注销，但根据工会组织与社会团体的紧密关联，以及工会法人资格证书的法律属性，我们可以合理推断：当社会团体（即工会组织的依托单位）注销时，其工会组织也相应失去存在的基础，因此工会法人资格证书也应随之注销。
实际操作建议：
咨询当地工会组织或登记管理机关：由于具体注销流程可能因地区而异，建议首先咨询当地工会组织或相关登记管理机关，了解工会法人资格证书注销的具体要求和流程。
准备相关材料：根据咨询结果，准备注销工会法人资格证书所需的相关材料，如注销申请、清算报告、业务主管单位的批复等。
提交申请并办理注销：将准备好的材料提交给相关登记管理机关，并按照其要求办理注销手续。
关注后续事宜：在注销完成后，关注是否有其他需要办理的后续事宜，如公告、备案等。
综上所述，当相关单位已注销时，其工会法人资格证书也应随之注销。为了确保注销流程的顺利进行，建议咨询当地工会组织或相关登记管理机关，并按照其要求准备和提交相关材料。