原配拿到小三的还款后，在特定情况下仍然可以起诉小三，但具体能否起诉以及起诉的依据和诉求需根据实际情况确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、基于财产权益受损的起诉
若还款未涵盖全部非法所得：
- 如果原配发现小三除了已还款的部分外，还有其他非法所得（如配偶擅自赠与的其他财物），原配仍有权要求小三返还剩余财产。
- 在此情况下，原配可以基于《中华人民共和国民法典》中关于夫妻共同财产的规定，提起民事诉讼，要求小三返还非法所得。
若还款存在欺诈或胁迫：
- 如果小三的还款是在欺诈、胁迫等不正当手段下进行的，原配在发现后仍有权撤销还款协议，并要求小三重新返还财产或采取其他补救措施。
- 在此情况下，原配需要提供充分的证据证明还款协议存在欺诈或胁迫情形。
二、基于侵权行为的起诉
配偶权侵权：
- 如果小三的行为不仅涉及财产问题，还侵犯了原配的配偶权（如长期与配偶保持不正当关系，对原配造成精神损害），原配可以基于侵权行为提起民事诉讼。
- 在此情况下，原配可以要求小三承担侵权责任，如停止侵害、赔礼道歉、赔偿精神损失等。但需注意，配偶权的界定在法律上较为模糊，此类诉讼在实际操作中可能存在一定难度。
其他侵权行为：
- 如果小三在还款过程中或还款后，还对原配实施了其他侵权行为（如殴打、诽谤等），原配当然有权就这些侵权行为提起诉讼。
三、基于刑事责任的起诉（如适用）
- 如果小三与配偶的行为构成重婚罪或其他刑事犯罪，原配可以向公安机关报案，由检察机关提起公诉。
- 在此情况下，即使小三已经还款，也不影响刑事责任的追究。原配可以作为被害人或证人参与刑事诉讼程序。
四、实际操作中的注意事项
证据收集：
- 原配在起诉前需要收集充分的证据来证明小三的不当行为以及自己因此遭受的损失。这些证据可以包括聊天记录、转账记录、照片、视频等。
- 证据的合法性和有效性至关重要，非法获取的证据可能不被法院采纳。
法律程序：
- 原配应了解相关法律规定和诉讼程序，确保自己的合法权益得到有效维护。
- 在提起诉讼时，应明确诉讼请求和事实理由，并提供相应的证据支持。
心理调适：
- 面对配偶出轨和小三介入的情况，原配可能会承受巨大的心理压力和痛苦。在寻求法律救济的同时，也应关注自身的心理健康。
举例说明：假设原配发现配偶擅自将夫妻共同财产赠与小三，并成功要求小三返还了部分财产。但后来原配又发现小三还隐藏了其他非法所得，此时原配仍有权就剩余非法所得提起诉讼。另外，如果小三在还款过程中对原配实施了殴打行为，原配当然有权就殴打行为提起诉讼并要求赔偿。
总结与建议：原配在拿到小三的还款后，是否还能起诉小三取决于具体情况。如果存在未解决的财产问题、侵权行为或刑事犯罪情形，原配仍有权提起诉讼。在操作过程中，原配应注重证据收集、了解法律程序并关注自身心理健康。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。