结论：原配与“小三”协商还钱后，是否还可以起诉，需根据具体情况判断，主要包括协商内容是否具有法律效力、是否涉及夫妻共同财产、是否存在欺诈或胁迫等因素。以下从不同角度详细分析：

一、协商内容是否具有法律效力

1. 若协商内容合法有效：

   • 如果原配与“小三”之间的协商内容（如还款协议）是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协商内容具有法律效力。
   • 在此情况下，如果“小三”已经按照协商内容履行了还款义务，原配通常不能再就同一事项提起诉讼，因为这可能构成重复起诉或违反诚实信用原则。

2. 若协商内容存在瑕疵：

   • 如果协商内容存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，导致一方在违背真实意思的情况下签订了还款协议，那么该协议可能被撤销或认定无效。
   • 在此情况下，原配仍然有权就“小三”非法取得或应返还的财产提起诉讼。

二、是否涉及夫妻共同财产

1. 若涉及夫妻共同财产：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条，夫妻对共同财产有平等的处理权。如果“小三”取得的财物属于夫妻共同财产范畴，且未经原配同意或追认，那么原配有权要求“小三”返还。
   • 即使原配与“小三”已经协商还款，但如果协商的还款金额低于实际应返还的金额，或者“小三”未按照协商内容履行还款义务，原配仍然可以就剩余部分提起诉讼。

2. 若不涉及夫妻共同财产：

   • 如果“小三”取得的财物属于配偶一方的个人财产，且原配无法证明“小三”存在非法取得或应返还的情形，那么原配可能无法就协商还款后的事项再提起诉讼。

三、是否存在其他法律事实或行为

1. 若存在其他违法行为：

   • 如果“小三”在取得财物的过程中存在欺诈、盗窃、侵占等违法行为，那么原配不仅可以就协商还款后的事项提起诉讼，还可以向公安机关报案，追究“小三”的刑事责任。

2. 若协商后发现新证据：

   • 如果在协商还款后，原配发现了新的证据，证明“小三”应返还的财物金额高于协商的金额，或者“小三”存在其他应承担法律责任的情形，那么原配仍然可以就新发现的事实提起诉讼。

四、法律建议

1. 保留证据：

   • 原配应保留与“小三”协商还款的所有证据，包括书面协议、转账记录、聊天记录等，以备不时之需。

2. 咨询专业律师：

   • 在决定是否提起诉讼前，原配应咨询专业律师，评估案件的胜诉可能性、诉讼成本及风险等因素。

3. 依法维权：

   • 如果原配决定提起诉讼，应依法准备诉讼材料，按时参加庭审，并充分行使辩论权利，以维护自己的合法权益。

示例：假设原配发现“小三”与配偶之间存在不正当经济往来，经协商后，“小三”同意返还部分财物并签订了还款协议。但后来原配发现，“小三”实际应返还的财物金额远高于协商的金额。在此情况下，原配可以就剩余部分提起诉讼，要求“小三”返还差额。

注意事项：在处理此类纠纷时，原配应保持冷静理性，避免情绪化应对。同时，应尊重司法程序，配合法院调查取证，如实陈述案件事实。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。