在运输公司车辆与电动车发生碰撞且被认定为主次责任（假设运输公司车辆为主要责任、电动车为次要责任）导致人员受伤的情况下，协商赔偿可以按照以下步骤进行：

一、明确协商主体

1. 运输公司：作为主要责任方，其车辆投保的保险公司通常是赔偿的重要主体。运输公司本身也可能需要承担超出保险赔偿范围的部分责任，比如保险不足部分或某些免赔项目。
2. 电动车主：次要责任方，若电动车主受伤，其自身可能也需要承担一定比例的损失，不过在协商中主要是向运输公司及其保险公司主张赔偿。

二、收集相关证据材料

1. 事故认定书：这是确定双方责任比例的关键证据，要确保事故认定书准确无误地反映了事故发生经过和责任划分。
2. 医疗证据：包括医院的诊断证明、病历、医疗费用发票、用药清单等，用于证明电动车主的受伤情况和治疗费用支出。
3. 其他损失证据：如误工证明（证明因受伤导致的收入减少）、护理证明（若有护理需求）、交通费发票等，以确定除医疗费用外的其他损失金额。

三、确定赔偿项目和标准

1. 医疗费用：根据实际产生的医疗费用发票进行计算，包括挂号费、检查费、治疗费、药费、住院费等。
2. 误工费：根据电动车主的误工时间和收入状况确定。误工时间一般根据医疗机构出具的证明确定；收入状况，有固定收入的，按照实际减少的收入计算；无固定收入的，可以参照受诉法院所在地相同或者相近行业上一年度职工的平均工资计算。
3. 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。护理人员有收入的，参照误工费的规定计算；护理人员没有收入或者雇佣护工的，参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准计算。
4. 交通费：根据电动车主及其必要的陪护人员因就医或者转院治疗实际发生的费用计算，应当以正式票据为凭，且有关凭据应当与就医地点、时间、人数、次数相符合。
5. 住院伙食补助费：可以参照当地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准予以确定。
6. 营养费：根据电动车主受伤情况参照医疗机构的意见确定。
7. 残疾赔偿金（如果构成残疾）：根据受害人丧失劳动能力程度或者伤残等级，按照受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准，自定残之日起按二十年计算。但六十周岁以上的，年龄每增加一岁减少一年；七十五周岁以上的，按五年计算。
8. 精神损害抚慰金（如果构成残疾或造成严重精神损害）：根据侵权人的过错程度、侵权行为所造成的后果等因素确定。

四、按照责任比例协商赔偿金额

假设运输公司车辆承担70%的责任，电动车承担30%的责任。那么运输公司及其保险公司应承担上述各项赔偿项目总金额的70%，电动车主自行承担30%。例如，经计算各项赔偿项目总金额为10万元，运输公司及其保险公司应赔偿7万元，电动车主自行承担3万元。

五、协商过程中的注意事项

1. 保持冷静和理性：双方在协商过程中要避免情绪化，以解决问题、达成赔偿协议为目的。
2. 明确表达诉求：电动车主要清晰、明确地向运输公司及其保险公司说明自己的损失情况和赔偿要求；运输公司及其保险公司也要及时反馈赔偿意见和方案。
3. 签订书面协议：一旦双方达成一致意见，一定要签订书面的赔偿协议，明确赔偿项目、金额、支付方式和时间等重要条款，以避免后续产生纠纷。

如果在协商过程中遇到困难或无法达成一致意见，可以考虑通过调解或诉讼等途径解决。你可以随时向我咨询在协商过程中遇到的具体法律问题。