在电动车主责、机动车次责的交通事故中，保险公司的赔偿流程通常遵循以下步骤，并依据相关法律规定进行：

一、赔偿原则

赔偿一般依据双方责任比例来计算。在这种情形下，电动车主负主要责任，机动车主负次要责任，保险公司的赔偿会按照各自的责任比例进行分担。

二、交强险赔偿

1. 赔偿范围：

   • 交强险是一种强制责任保险，旨在保障交通事故受害人依法得到基本赔偿。
   • 交强险的赔偿限额分为医疗费用赔偿限额、死亡伤残赔偿限额和财产损失赔偿限额。

2. 赔偿顺序：

   • 首先由机动车的交强险在规定的限额内赔偿电动车主的损失。
   • 交强险的医疗费用赔偿限额通常是18000元，死亡伤残赔偿限额是180000元，财产损失赔偿限额是2000元。

3. 赔偿方式：

   • 交强险不按责任比例进行赔偿，只要在有责限额内，机动车交强险就会全额赔付电动车主的损失。
   • 若电动车主的损失超出交强险的限额，则超出部分需按照双方责任比例由商业险或双方车主承担。

三、商业险赔偿

1. 赔偿原则：

   • 交强险赔偿不足的部分，由双方的商业险按照责任比例进行赔付。
   • 商业险的赔偿比例通常根据事故责任认定书来确定，如电动车主承担70%责任，机动车主承担30%责任。

2. 赔偿流程：

   • 双方车主需向各自的保险公司报案，并提供相关事故证明和损失证据。
   • 保险公司会根据事故责任认定书和保险合同条款进行赔付。

四、双方车主承担

1. 情况说明：

   • 若交强险和商业险赔偿后仍有不足部分，则需由双方车主按照责任比例承担剩余损失。

2. 承担方式：

   • 双方车主可以协商确定赔偿金额和支付方式。
   • 若协商不成，可以通过诉讼途径解决赔偿纠纷。

五、法律依据

• 《道路交通安全法》及相关司法解释规定了交通事故赔偿责任的原则和划分。
• 《民法典》侵权责任编中规定了机动车与非机动车驾驶人之间发生交通事故的赔偿责任分担原则。

综上所述，在电动车主责、机动车次责的交通事故中，保险公司的赔偿流程涉及交强险的先行赔付、商业险的按比例赔付以及双方车主的承担。具体赔偿金额和比例需根据事故责任认定书、保险合同条款以及实际损失情况来确定。若双方无法达成一致，可通过诉讼途径解决赔偿纠纷。