公司给员工更换劳动关系主体是一个涉及法律权益和劳动管理的重要事项，需要注意以下几个方面以确保流程的合法性和员工的权益得到保障：

一、明确更换劳动关系主体的原因和合法性

1. 原因合理性：公司应明确更换劳动关系主体的具体原因，如业务调整、组织架构变革等，并确保这些原因是合理且合法的。
2. 法律合规性：更换劳动关系主体必须符合相关法律法规的规定，如《劳动合同法》等，避免出现违法解除劳动合同或规避用工责任的情况。

二、与员工进行充分沟通并获得同意

1. 沟通协商：公司应与员工进行充分的沟通，解释更换劳动关系主体的原因、影响及后续安排，确保员工了解并理解相关情况。
2. 获得同意：在沟通的基础上，公司应获得员工的明确同意，并保留相关证据（如书面同意书、电子邮件确认等），以避免后续纠纷。

三、确保劳动合同的连续性和权益保障

1. 劳动合同处理：在更换劳动关系主体时，公司应确保原劳动合同的权益得到妥善处理。如果新主体愿意承接原劳动合同的权益和义务，应签订三方协议或类似文件进行明确；如果新主体不愿意承接，则应与员工协商解除原劳动合同并支付相应的经济补偿。
2. 权益保障：公司应确保员工在更换劳动关系主体后的工资、福利、社保等权益不受影响，并按照新主体的规定进行及时调整和落实。

四、注意关联公司混同用工的风险

1. 避免混同用工：如果新主体与原主体存在关联关系，公司应特别注意避免混同用工的情况，即避免让员工在多个关联公司之间频繁更换劳动关系主体而实际上仍为同一雇主工作。
2. 明确用工主体：在关联公司混同用工的情况下，公司应明确实际的用工主体，并确保员工的劳动权益得到切实保障。如果发生纠纷，法院可能会根据用工事实来认定劳动关系，因此公司应保留好相关证据以证明实际的用工情况。

五、完善相关手续和文件

1. 签订新合同：在更换劳动关系主体后，公司应与员工签订新的劳动合同，明确双方的权利和义务。
2. 办理社保转移：如果涉及社保关系的转移，公司应及时为员工办理相关手续，确保员工的社保权益不受影响。
3. 保留相关证据：公司应保留好与更换劳动关系主体相关的所有文件和证据，如沟通记录、同意书、新合同等，以备后续可能出现的纠纷或审计。

六、关注员工心理和情绪变化

1. 心理疏导：更换劳动关系主体可能会对员工的心理和情绪产生一定影响，公司应关注员工的心理变化，提供必要的心理疏导和支持。
2. 稳定团队：公司应采取措施稳定团队情绪，确保更换劳动关系主体不会对团队的稳定性和工作效率产生负面影响。

概括起来，公司给员工更换劳动关系主体是一个复杂而敏感的过程，需要公司谨慎处理并确保合法合规。通过充分沟通、明确权益、完善手续和关注员工心理变化等措施，可以确保更换过程的顺利进行并保障员工的权益得到切实保障。