在总公司签订合同并授权分公司进行实际施工的情况下，建筑工程施工许可的施工单位原则上应当是总公司，但具体还需根据实际情况和当地建设行政主管部门的解释来确定。以下是对这一问题的详细分析：

一、合同签订与施工许可的关联

1. 合同签订主体：根据合同的相对性原则，总公司作为合同签订方，是合同法律关系的主体，承担合同约定的权利和义务。
2. 施工许可的申请：建筑工程施工许可的申请通常由合同签订方（即总公司）负责。施工许可上载明的施工单位应与合同签订方一致，以确保施工活动的合法性和合规性。

二、分公司施工的法律地位

1. 分公司的法律性质：分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。其民事责任由总公司承担，法律行为后果也归属于总公司。
2. 分公司施工的合法性：虽然分公司不具有独立法人资格，但在总公司的授权下，分公司可以从事与总公司业务相关的经营活动，包括施工活动。然而，这并不意味着分公司可以独立作为施工许可的申请主体。

三、实际情况与当地建设行政主管部门的解释

1. 实际情况的复杂性：在实际操作中，可能存在总公司签订合同后，将具体施工任务交给分公司完成的情况。这时，施工许可的申请和办理可能涉及总公司和分公司的协作。
2. 当地建设行政主管部门的解释：由于不同地区的建设行政主管部门对施工许可的申请和办理可能有不同的规定和解释，因此，在具体操作中，建议咨询当地建设行政主管部门，以获取准确的信息和指导。

四、法律建议

1. 明确合同条款：在总公司与发包方签订合同时，应明确约定施工任务的承担方（即总公司或分公司），以及施工许可的申请和办理责任。
2. 加强沟通与协作：总公司和分公司应加强沟通与协作，确保施工许可的申请和办理符合当地建设行政主管部门的要求和规定。
3. 关注法律风险：总公司和分公司应关注因施工许可问题可能引发的法律风险，如行政处罚、合同纠纷等，并采取相应的措施进行防范和应对。

举例说明：假设某总公司与发包方签订了一份建筑工程施工合同，并授权其分公司进行实际施工。在申请施工许可时，总公司应作为申请主体，并在施工许可上载明为施工单位。如果当地建设行政主管部门对分公司施工有特殊规定或要求，总公司应与分公司共同协作，按照当地规定办理相关手续。

特殊情况：如果分公司以自己的名义在当地建设行政主管部门进行了备案，并获得了相应的施工资质，那么在某些情况下，分公司也可能被允许作为施工许可的申请主体。但这需要具体根据当地的规定和解释来确定。

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