村民的搬迁安置协议书是否在村委会留档，需分情况讨论：

1. 根据协议签订主体及地方政策
   若搬迁安置协议由村委会作为协议一方（如代表政府组织搬迁），或地方政府明确要求村委会协助管理搬迁事务，则村委会通常会留存协议原件或复印件作为备案。此类留档行为属于行政程序或协议履行的必要环节，具有合法性。

2. 根据协议内容及村民自治规定
   若协议仅涉及村民与开发商/政府之间的权利义务（村委会未参与签订），但村委会根据《村民委员会组织法》需履行监督或公示职责，则可能留存协议复印件用于村民信息查询或公示。但此类留档需以村民同意或地方性法规授权为前提，否则可能涉及隐私侵权风险。

3. 实践中的常见操作
   在集体土地征收、棚户区改造等项目中，村委会常作为基层组织协助政府落实搬迁政策，实践中普遍存在留档行为。但留档范围通常限于协议关键条款（如补偿标准、安置方式），而非全文；且留档目的限于备案、公示或解决纠纷，不得用于其他商业用途。

建议：

• 若您需确认协议是否留档，可向村委会申请查阅《搬迁安置协议管理台账》或要求出具留档证明；
  
• 若发现村委会未经同意留存协议全文或泄露个人信息，可依据《民法典》第1032条主张隐私权侵权；
  
• 涉及协议效力争议时，留档版本可作为证据提交，但需结合其他证据（如签字真实性、履行情况）综合认定。
  

如有具体协议文本或地方政策文件，可进一步向我提供细节，我将结合实务经验为您分析留档行为的合法性及风险。