动迁协议动迁办通常会存档。以下是对此结论的详细解释：

1. 存档的必要性：动迁协议是拆迁双方（通常是动迁办与被拆迁人）就拆迁补偿、安置等事宜达成的书面协议，具有法律效力。为了保障双方的合法权益，确保协议的真实性和可追溯性，动迁办通常会对签订的动迁协议进行存档。

2. 存档的流程：在动迁过程中，当双方就拆迁事宜达成一致并签订动迁协议后，动迁办会按照内部管理规定，将协议原件或复印件进行归档保存。存档过程通常包括登记、编号、装订等步骤，以确保协议的妥善保管和便于后续查阅。

3. 存档的期限：动迁协议的存档期限一般较长，以满足可能的法律纠纷解决、审计、历史资料保存等需求。具体的存档期限可能因地区、机构等因素而有所不同，但通常会遵循相关法律法规和档案管理规定。

4. 存档的意义：对于动迁办而言，存档动迁协议不仅有助于维护自身的管理秩序和合法权益，还能为未来的类似拆迁项目提供参考和借鉴。对于被拆迁人而言，存档的动迁协议也是其维护自身权益的重要依据，可以在必要时作为证据使用。

综上所述，动迁协议动迁办通常会存档，这是为了保障双方的合法权益，确保协议的真实性和可追溯性。如果您在动迁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。