房地产公司的协议是会存档的，且不同主体和协议类型有不同的保存要求。以下从不同角度为您详细分析：

1. 房地产开发企业

   • 法规依据：根据《城市房地产开发经营管理条例》，房地产开发企业在项目开发过程中需记录主要事项于项目手册，并定期送交房地产开发主管部门备案。
   • 保存要求：虽然该条例未直接规定合同保存年限，但考虑到企业管理规范和后续可能涉及的房屋质量保修等问题，房地产开发企业通常会保存房地产合同等开发经营资料至少至项目交付使用后5年，甚至更长时间。这是为了便于主管部门监管，以及在出现问题时进行追溯和查证。

2. 房地产经纪机构

   • 法规依据：依据《房地产经纪管理办法》第二十六条，房地产经纪机构应建立业务记录制度，并如实记录业务情况。
   • 保存要求：房地产经纪服务合同应保存不少于5年。这一规定旨在保护消费者权益，在发生服务内容、费用等纠纷时提供证据，同时也便于行业主管部门的监督检查。

3. 物业服务企业

   • 地方规定与实际操作：虽然全国没有统一的法律规定物业服务企业保存物业合同的具体年限，但部分地方规定物业企业应对物业承接查验、物业合同等资料进行长期保存。考虑到物业服务合同的长期性和可能涉及的纠纷处理，物业服务企业通常会长期保存合同，保存期限往往在10年以上，以确保在需要时能够提供充分的法律依据。

4. 购房者角度

   • 重要性：购房合同是购房者合法拥有房屋产权的重要凭证，也是明确与开发商之间权利义务关系的关键文件。
   • 保存建议：因此，建议购房者永久保存购房合同及相关文件，以便在房屋交易、抵押、继承、办理产权证明或维权等场合使用。

5. 一般原则与实际操作中的考虑

   • 法律未明确规定：房地产合同的保存年限在法律中并未明确统一规定，但不同主体和协议类型根据实际业务需要和相关法规、地方规定，均有相应的保存要求。
   • 行业惯例与公司规定：在实际操作中，房地产公司可参考相关行业的惯例或公司内部规定来确定具体保存期限，如十年、十五年甚至更久，或根据合同性质和内容灵活决定。
   • 相关资料保管：即使合同本身没有明确保存要求，与合同相关的凭证、票据、往来函件等也应妥善保管，因这些资料在解决合同纠纷或法律诉讼时可能起到关键作用。

总结与建议： 房地产公司的协议存档是必要的，且不同主体和协议类型有不同的保存要求。为确保自身权益和避免潜在法律纠纷，建议房地产公司及相关主体采取适当措施确保这些资料的完整性和可读性，并尽量长期保存。如果您在房地产协议存档方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。