结论：非正式的两年一签合同的协议工，企业是否存档并非由法律明确规定，而是取决于企业的内部管理规定和实际操作习惯。不过，从法律风险防控和企业管理规范性的角度出发，企业通常会选择存档。

分析说明：

1. 企业存档的自主性：

   • 企业对于员工合同的存档，并非法律强制要求，而是企业根据自身管理需要和风险防控考虑来决定的。对于非正式的两年一签合同的协议工，企业同样有权选择是否存档。

2. 存档的益处：

   • 法律风险防控：存档可以确保企业在面临劳动纠纷或法律诉讼时，有充分的证据来支持自己的立场和主张。例如，在劳动仲裁或法院诉讼中，合同是证明劳动关系、工作内容、工资待遇等关键事实的重要证据。
   • 企业管理规范性：存档有助于企业建立完善的员工档案管理制度，提高管理效率。通过存档，企业可以方便地查阅员工的合同信息，了解员工的入职、离职、续签等情况，为企业的决策提供依据。

3. 不存档的风险：

   • 如果企业不选择存档，一旦面临劳动纠纷或法律诉讼，可能会因为无法提供有效的合同证据而处于不利地位。此外，不存档也可能导致企业管理混乱，难以追踪员工的合同状态，增加管理成本。

4. 实际操作建议：

   • 建议存档：从法律风险防控和企业管理规范性的角度出发，建议企业对所有员工的合同（包括非正式的两年一签合同的协议工）进行存档。存档时，应确保合同的完整性和真实性，避免篡改或遗失。
   • 完善管理制度：企业应建立完善的员工档案管理制度，明确存档的流程、责任人和保管期限等。同时，应定期对存档的合同进行审查和更新，确保合同的时效性和准确性。

后续行动建议：

• 如果您是企业负责人或人力资源管理者，建议您对企业的合同存档情况进行审查，确保所有员工的合同都得到妥善存档。
• 如果您是协议工本人，且对企业的合同存档情况有疑问或担忧，您可以向企业的人力资源部门咨询或要求查看自己的合同存档情况。

特殊场景提醒：

• 在某些特殊情况下，如企业面临破产、重组或合并等，合同存档的重要性更加凸显。此时，企业应确保合同的完整性和安全性，避免因管理不善而导致合同遗失或损坏。

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