事业单位病假期间，应休未休的工资是否扣除，需根据具体情况来判断，一般来说，病假期间工资的发放与病假时长、单位规章制度以及相关法律法规的规定有关，但应休未休的假期（如年假）工资通常不应因病假而被扣除。以下从几个方面进行详细分析：

1. 病假工资的发放原则：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及事业单位的相关规定，职工在病假期间，单位应按照一定比例支付病假工资或疾病救济费。这个比例通常与职工的工龄、病假时长等因素有关，但具体标准可能因地区和单位而异。
   • 病假工资的发放是为了保障职工在病假期间的基本生活需要，因此，它不应与应休未休的假期工资相混淆。

2. 应休未休假期的处理：

   • 应休未休的假期，如年假，是职工依法享有的休息权利。根据《职工带薪年休假条例》等相关规定，职工在未休年假的情况下，单位应按照职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含单位支付职工正常工作期间的工资收入。
   • 这意味着，即使职工在病假期间，其应休未休的年假工资也不应被扣除。单位应另行安排支付或在下一年度安排补休。

3. 单位规章制度的影响：

   • 虽然法律法规对病假工资和应休未休假期的处理有明确规定，但单位内部的规章制度也可能对此有所规定。然而，这些规章制度必须符合法律法规的要求，不得侵犯职工的合法权益。
   • 如果单位的规章制度与法律法规相冲突，那么应以法律法规为准。

4. 实际操作建议：

   • 对于职工而言，如果单位在病假期间扣除了应休未休的假期工资，可以首先与单位进行沟通协商，要求单位按照法律法规的规定支付相应的工资报酬。
   • 如果沟通协商无果，职工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，事业单位病假期间，应休未休的假期工资通常不应被扣除。单位应按照法律法规的规定支付病假工资和应休未休假期的工资报酬。如果职工遇到单位违规扣除的情况，可以积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。