结论：在大棚上建小房是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及土地用途、规划许可和建设许可等方面。以下从不同角度进行分析：
一、土地用途角度
若大棚所在土地为农用地：
- 根据《土地管理法》的相关规定，农用地主要用于农业生产活动。在大棚（作为农业生产设施）上擅自建设小房，可能改变了土地用途，属于违法行为。
- 特别是如果小房的建设导致土地硬化、破坏耕作层等，将进一步违反土地保护的相关规定。
若大棚所在土地已依法转为建设用地：
- 在这种情况下，土地用途已经合法变更，理论上可以建设符合规划要求的建筑物。
- 但仍需注意，即使土地用途已变更，建设小房也需符合当地的规划许可和建设许可要求。
二、规划许可角度
- 无论土地用途如何，建设小房通常需要获得当地规划部门的许可。未经许可擅自建设，属于违法建设行为。
- 规划许可通常涉及建筑物的位置、高度、面积、用途等多个方面，需确保小房的建设符合当地规划要求。
三、建设许可角度
- 除了规划许可外，建设小房还需获得建设部门的施工许可。这通常涉及施工图纸审查、施工队伍资质、安全生产条件等多个方面。
- 未经许可擅自施工，不仅可能面临行政处罚，还可能因施工质量问题引发安全事故。
四、特殊情况考虑
- 历史遗留问题：如果大棚和小房的建设历史悠久，且在当时并未受到严格监管，可能存在一定的历史遗留问题。但即便如此，随着法律法规的完善和监管的加强，仍需尽快补办相关手续或进行整改。
- 政策扶持与限制：某些地区可能对农业设施建设有特定的政策扶持或限制。例如，鼓励建设现代农业设施的同时，可能对非农业生产设施的建设进行限制。因此，在建设小房前，需了解当地的具体政策要求。
五、法律建议
- 咨询当地规划部门：在建设小房前，建议先咨询当地规划部门，了解土地用途、规划许可和建设许可的具体要求。
- 补办相关手续：如果小房已经建成但未经许可，建议尽快补办相关手续，以避免法律风险。
- 遵守法律法规：在建设过程中，务必遵守相关法律法规和规划要求，确保建设活动的合法性和安全性。
后续行动建议：如果您正在考虑在大棚上建小房，或者已经建成了但未经许可，建议您直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。