公司应首先核实员工未休年假的具体情况，再根据法律法规及公司制度进行处理，具体处理方式需分情况讨论：
确认年假资格与天数
根据《职工带薪年休假条例》，员工连续工作满12个月以上的，享受带薪年休假。年假天数根据累计工作年限确定（1-10年5天、10-20年10天、20年以上15天）。公司需核实员工是否符合条件，并确认其应休年假天数。若员工在2025年未满足连续工作条件（如中途入职），则无权主张当年年假。
核查未休原因与责任归属
- 公司原因：若因工作安排（如项目紧急、人员短缺）导致员工未休假，公司需按日工资的300%支付未休年假工资（包含正常工资，实际额外支付200%）。
- 员工原因：若员工因个人原因（如主动放弃、未提交申请）未休假，公司可要求员工书面确认放弃年假，并支付正常工资。但需注意，若公司未主动安排休假或未提示员工休假，可能被认定为公司责任。
处理时效与程序合规性
- 时效限制：根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效为1年。若员工在2026年才主张2025年未休年假，公司可主张时效抗辩，但需注意部分地区可能支持特殊情形下的时效中断或延长。
- 程序要求：公司应保留休假安排记录（如邮件、系统申请记录）、员工确认放弃年假的书面文件等证据，以应对潜在纠纷。
协商与补偿方案
- 优先安排补休：若员工同意，公司可在2026年内安排补休，避免支付高额工资补偿。
- 经济补偿：若无法补休，公司需按上述标准支付未休年假工资。补偿金额需根据员工月工资（剔除加班费后的平均工资）计算，并确保不低于当地最低工资标准。
建议行动步骤：
- 立即核查员工2025年考勤记录、休假申请记录及工作安排文件；
- 与员工沟通，明确未休原因并留存书面证据（如员工签署的《未休年假确认书》）；
- 根据责任归属，制定补偿方案（补休或工资补偿）；
- 完善公司休假管理制度，明确休假申请流程、未休处理规则及员工告知义务，降低未来风险。
若涉及复杂情形（如跨年度休假安排、员工离职等），可进一步向我咨询具体操作细节。