防汛工程层层分包一般是不合法的。以下从几个角度详细分析这一问题：
一、法律法规的明确规定
根据《中华人民共和国建筑法》及相关法律法规，建设工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，但禁止总承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位，同时禁止分包单位将其承包的工程再分包。这一规定同样适用于防汛工程，因为防汛工程也属于建设工程的范畴。
二、层层分包可能带来的问题
工程质量难以保证：层层分包可能导致实际施工单位的资质和能力参差不齐，难以保证工程质量。防汛工程关乎人民生命财产安全，工程质量尤为重要，因此必须严格把控。
管理混乱：层层分包可能导致工程管理混乱，责任不清。一旦出现问题，难以追究具体责任人的责任，给工程维护和后续管理带来困难。
增加成本：层层分包往往伴随着中间环节的增加，这可能导致工程成本的上升。对于防汛工程这样的公益性项目来说，成本的增加无疑会加重财政负担。
三、合法分包的情形
虽然层层分包不合法，但合法分包是存在的。例如，总承包单位可以将部分非主体、非关键性的工程分包给具有相应资质条件的分包单位。这种分包行为是合法的，但必须满足以下条件：
分包单位具备相应资质：分包单位必须具备承接分包工程的相应资质条件，否则分包行为无效。
分包工程非主体、非关键性：分包工程不能是主体工程或关键性工程，否则可能影响整个工程的质量和安全。
总承包合同约定或经建设单位认可：分包行为必须得到总承包合同的约定或建设单位的认可，否则可能构成违约或违法分包。
四、法律后果
如果防汛工程存在层层分包的情况，相关责任单位和个人可能面临以下法律后果：
行政处罚：根据相关法律法规，违法分包的单位和个人可能面临罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级等行政处罚。
民事责任：如果因违法分包导致工程质量问题或安全事故，相关责任单位和个人可能需要承担民事赔偿责任。
刑事责任：在极端情况下，如果违法分包行为构成犯罪（如重大责任事故罪等），相关责任人可能需要承担刑事责任。
建议：在防汛工程的建设过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，避免层层分包的行为。如果确实需要进行分包，应确保分包单位具备相应资质条件，并得到总承包合同的约定或建设单位的认可。同时，应加强对分包工程的管理和监督，确保工程质量和安全。如果您在防汛工程或其他建设工程领域遇到法律问题，可以直接向我咨询。