有土地使用证但没有建设工程许可证的违建之所以不能补办手续合法化，主要基于以下几个方面的法律和政策考量：

1. 规划合规性原则：

   • 建设工程许可证是城市规划管理中的重要环节，它确保了建筑项目符合城市规划、土地利用规划以及相关法律法规的要求。没有建设工程许可证，意味着该建筑可能未经过规划部门的审批，其建设位置、高度、面积等可能不符合规划要求，甚至可能侵占了公共空间或影响了周边环境的和谐。
   • 允许此类违建补办手续合法化，将破坏城市规划的严肃性和权威性，导致城市规划的混乱和失控。

2. 公共利益保护：

   • 城市规划不仅关乎个体利益，更关乎公共利益。违建可能占用公共资源，如道路、绿地等，影响城市交通、环境美观和居民生活质量。
   • 如果允许违建补办手续合法化，将是对公共利益的一种侵害，不利于城市的可持续发展和居民的福祉。

3. 法律秩序维护：

   • 建设工程许可证是法律规定的建设行为的前提条件之一。没有取得该许可证而进行建设，属于违法行为。
   • 如果允许此类违建补办手续合法化，将是对法律秩序的破坏，可能引发更多的违法建设行为，形成“法不责众”的恶劣影响。

4. 补办手续的复杂性和不确定性：

   • 即使理论上存在补办手续的可能性，但实际上由于违建可能涉及多个方面的违规，如土地使用、规划、消防等，补办手续的过程将非常复杂且充满不确定性。
   • 补办手续可能需要满足一系列严格的条件，如调整规划、缴纳罚款、进行整改等，这些条件对于违建者来说可能难以满足。

5. 政策导向和执法力度：

   • 近年来，政府对于违法建设的打击力度不断加大，政策导向明确反对违法建设行为。
   • 允许违建补办手续合法化将与政府的政策导向相悖，不利于形成良好的社会风气和法治环境。

具体到实际操作层面，即使违建者拥有土地使用证，但由于缺乏建设工程许可证，其建筑仍然属于违法建设。在大多数情况下，政府不会允许此类违建补办手续合法化，而是会采取拆除、罚款等措施进行处罚。当然，也存在一些特殊情况，如历史遗留问题、政策调整等，可能使得某些违建有机会通过补办手续合法化，但这需要具体问题具体分析，并且通常伴随着严格的条件和限制。

建议：对于拥有土地使用证但缺乏建设工程许可证的违建者来说，最好的做法是主动与相关部门沟通，了解具体的政策要求和处罚措施，并积极配合政府的工作进行整改或拆除。同时，也可以咨询专业律师的意见，以更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。