结论：在男女自愿发生关系但女方怀孕的情况下，能否起诉取决于具体的法律诉求和事实情况。以下从不同角度进行分析：

一、若以“强奸罪”起诉

1. 法律背景：强奸罪是指违背妇女意志，使用暴力、胁迫或者其他手段，强行与妇女发生性交的行为。其核心在于“违背妇女意志”。

2. 分析：在男女自愿发生关系的情况下，由于不存在“违背妇女意志”的情形，因此不构成强奸罪。所以，如果女方以“强奸罪”起诉，法院将不会支持这一诉求。

二、若以“民事侵权”起诉（如要求赔偿医疗费、精神损失费等）

1. 法律背景：民事侵权是指行为人因过错侵害他人民事权益，应当承担侵权责任。在性关系中，如果男方存在过错（如故意传播性病、隐瞒已婚身份等），并导致女方怀孕，女方可以要求男方承担相应的民事责任。

2. 分析：

   • 若男方无过错：在双方自愿且男方无过错的情况下，女方怀孕通常被视为双方共同承担的风险。此时，女方要求男方赔偿医疗费、精神损失费等可能缺乏法律依据，法院可能不会支持。
   • 若男方存在过错：如男方故意传播性病导致女方感染，或隐瞒已婚身份给女方造成精神损害等，女方可以依据《民法典》中关于侵权责任的规定，要求男方承担相应的赔偿责任。

三、若涉及“非婚生子女权益”问题

1. 法律背景：非婚生子女与婚生子女享有同等的权利。父母对非婚生子女有抚养、教育、保护的权利和义务。

2. 分析：如果女方选择生下孩子，无论男方是否愿意，他都有义务承担孩子的抚养费。女方可以依据《民法典》中关于非婚生子女权益的规定，要求男方支付抚养费。抚养费的数额和支付方式可以根据双方的实际情况和法院的判决来确定。

四、建议与后续行动

1. 收集证据：如果女方决定起诉，应尽可能收集相关证据，如聊天记录、医疗记录等，以证明自己的诉求。
2. 咨询专业律师：虽然我已经为你提供了基本的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议你直接向我咨询，以便我能根据你的具体情况提供更详细的法律建议。
3. 考虑和解或调解：在诉讼之前，双方也可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷，以节省时间和精力。

总结：在男女自愿发生关系但女方怀孕的情况下，能否起诉取决于具体的法律诉求和事实情况。如果女方有具体的法律诉求或疑问，建议直接向我咨询，以便我能根据你的具体情况提供更详细的法律建议。