结论：民事案件庭前会议由书记员主持，双方进行了答辩、举证、质证，这一行为主要违反了《中华人民共和国民事诉讼法》中关于庭前会议主持人的规定。

详细分析：

1. 庭前会议主持人的规定：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，庭前会议通常由审判长或者独任审判员主持，其目的在于明确双方当事人的争议焦点，整理证据，为正式庭审做好准备。书记员在庭审中主要承担记录等辅助性工作，并不具备主持庭前会议的法定职责。

2. 庭前会议的程序要求：

   • 庭前会议是民事诉讼程序中的一个重要环节，它要求主持人具备一定的法律素养和审判经验，以确保会议的顺利进行和争议焦点的准确归纳。书记员由于职责所限，可能无法充分履行这一职责，从而影响庭前会议的效果和正式庭审的效率。

3. 答辩、举证、质证在庭前会议中的合法性：

   • 虽然答辩、举证、质证是民事诉讼中的基本环节，但它们通常应在正式庭审中进行。庭前会议的主要任务是明确争议焦点和整理证据，而非进行全面的答辩、举证和质证。当然，如果双方当事人在庭前会议中自愿进行这些活动，且不影响正式庭审的进行，法律并未明确禁止。但关键在于，这些活动应在审判长或独任审判员的主持下进行，以确保程序的合法性和公正性。

4. 可能的法律后果：

   • 如果庭前会议由书记员主持，并进行了答辩、举证、质证等活动，这可能构成程序违法。在后续的诉讼程序中，对方当事人可以以此为由提出异议，甚至可能影响案件的审理结果。例如，如果认为庭前会议的程序违法影响了其合法权益，当事人可以向法院申请复议或者提出上诉。

建议：

• 对于已经发生的庭前会议程序违法情况，建议当事人及时与法院沟通，说明情况，并请求法院依法处理。
• 在未来的诉讼程序中，当事人应更加关注庭审程序的合法性，确保自己的合法权益得到有效保障。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。