在民事诉讼一审第二次开庭质证证据时，由书记员主持是不合法的。以下从法律背景、具体规定及可能后果几个方面进行详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法庭审理程序，包括质证环节，应当由审判长或者独任审判员主持。书记员在法庭中的主要职责是负责法庭记录等辅助性工作，并不具备主持法庭审理或质证环节的法定职权。

具体来说，在民事诉讼中，质证是当事人对对方提出的证据进行辨认、质疑、说明、辩驳等活动的总称，是法庭调查的重要环节。这一环节的主持者应当是具有审判权的法官，即审判长或独任审判员，以确保质证过程的公正性、合法性和有效性。

可能的后果

如果书记员在质证环节中主持了质证，这可能构成程序违法。程序违法可能会影响案件的公正审理和当事人的合法权益。在极端情况下，如果程序违法严重到影响了案件的公正性，当事人甚至有权提出上诉或申请再审，要求撤销原判决或裁定，并重新审理案件。

实际操作建议

1. 当事人角度：如果在庭审过程中发现书记员主持了质证环节，当事人应当及时提出异议，要求由审判长或独任审判员主持。如果异议未被采纳，当事人可以在庭审结束后向法院提出书面意见，或者在上诉、申请再审时提出程序违法的问题。

2. 律师角度：作为律师，在代理案件时应当密切关注庭审程序，确保当事人的合法权益不受侵害。如果发现书记员主持了质证环节，律师应当及时向法庭提出异议，并要求纠正程序违法。同时，律师还可以在庭审结束后向当事人解释程序违法可能带来的后果，并建议当事人采取相应的法律措施。

综上所述，民事诉讼一审第二次开庭质证证据时，由书记员主持是不合法的。当事人和律师都应当密切关注庭审程序，确保案件的公正审理和当事人的合法权益。如果您在民事诉讼中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。