核心结论：针对员工不同意因迟到早退被罚款的情况，企业需谨慎处理，确保处罚措施合法合规，避免引发劳动争议。以下从多个角度进行分析和建议：

1. 审查企业规章制度的合法性
   企业若要对员工进行罚款，首先需确保相关规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并已向员工公示或告知。若规章制度未经合法程序制定，或未明确规定迟到早退的处罚标准，企业单方面罚款可能被认定为违法，员工有权拒绝。
   建议：立即检查企业规章制度，确认是否符合《劳动合同法》第四条的规定，并补全民主程序和公示手续（如留存会议记录、签字确认文件等）。

2. 区分“罚款”与“扣减工资”的合法性
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，企业仅在因员工本人原因给企业造成经济损失时，可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣减部分不得超过员工当月工资的20%。若企业以“迟到早退”为由直接罚款，可能被认定为克扣工资，属于违法行为。
   建议：若需约束员工考勤，可改为“扣减绩效奖金”或“调整岗位薪资结构”（需在劳动合同中明确约定），而非直接罚款。

3. 通过合法手段管理考勤
   若员工频繁迟到早退，企业可依据《劳动合同法》第三十九条，以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，但需满足以下条件：

   • 规章制度中明确规定“迟到早退达到一定次数或时长属于严重违纪”；
     
   • 员工的行为确实达到制度规定的标准；
     
   • 解除程序合法（如提前通知工会、送达解除通知等）。
     建议：在规章制度中量化“严重违纪”的标准（如“每月迟到早退累计超过5次，或单次迟到早退超过2小时”），并保留员工违纪的书面证据（如考勤记录、签到表等）。

4. 与员工协商解决
   若企业希望避免劳动争议，可尝试与员工沟通，了解其迟到早退的原因（如家庭困难、通勤问题等），并协商解决方案（如调整工作时间、弹性考勤等）。若员工态度强硬，可明确告知其违纪行为的后果（如扣减绩效、解除合同等），但需避免威胁或侮辱性语言。
   建议：沟通时保留书面记录（如邮件、微信聊天记录），以备后续维权使用。

5. 法律风险防范
   若企业已对员工罚款，且员工提出异议，企业需立即停止违法行为，并补发被扣工资。若员工已申请劳动仲裁，企业需积极应诉，提供规章制度、民主程序、公示证据等材料，证明处罚的合法性。
   建议：定期对人力资源管理人员进行劳动法培训，避免因操作不当引发纠纷。

总结：企业无权随意对员工罚款，但可通过合法规章制度、绩效管理或解除合同等手段约束员工行为。若遇到员工拒绝罚款的情况，建议优先审查制度合法性、与员工协商，并保留证据以防范风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。