当您在绿灯剩余五秒时紧急停车但已过停车线，随后被追尾，您可以按照以下步骤来处理这一事故：
一、确保安全并立即报警
保障人员安全：
- 如果车辆还能移动，且现场没有造成严重的交通堵塞或危险情况，应尽快将车辆移至不妨碍交通的地方，如应急车道或路边。
- 如果车辆无法移动，立即开启危险报警闪光灯（双闪灯），并在车辆后方适当距离处放置三角警示牌。在普通道路上，三角警示牌应放置在车后50-100米处；在高速公路上，要放置在车后150米以外。
及时报警：
- 拨打当地交警部门的报警电话（如122），向接警人员准确描述事故发生的时间、地点、大致情况以及人员伤亡和车辆损坏程度。
二、收集证据
现场照片和视频：
- 使用手机等设备拍摄事故现场的全景照片，包括车辆的位置、碰撞部位、刹车痕迹等。可以从不同角度进行拍摄，以便全面记录事故现场。
- 如果有条件，录制视频以更直观地展示事故现场的全貌和细节。
证人信息：
- 寻找目击者，并记录他们的姓名、联系方式等信息。向目击者询问事故的经过，让他们提供证言。
行车记录仪资料：
- 查看自己的行车记录仪，如果有相关记录，及时保存下来。行车记录仪的视频可以作为事故责任认定的重要依据。
三、配合交警调查与定责
如实陈述：
- 在交警到达现场后，积极配合交警的调查工作，如实陈述事故发生的经过。详细说明自己在绿灯亮起时为何停车，以及停车后的车辆状态。
接受询问和检测：
- 按照交警的要求，提供相关证件和信息，如驾驶证、行驶证、保险单等。如果交警怀疑存在酒驾、毒驾等违法行为，配合进行酒精测试、毒品检测等。
了解责任认定结果：
- 交警会根据现场勘查、证据收集和相关法律法规，对事故责任进行认定。一般情况下，后车在行驶过程中应保持足够的安全距离，如果因未保持安全距离而追尾前车，后车通常应承担主要或全部责任。但如果前车存在故意急刹车、违规停车等过错行为，也可能需要承担一定的责任。在您的情况下，由于您是在绿灯剩余五秒时紧急停车但已过停车线，这通常不会被视为违规停车，除非有证据表明您存在其他过错行为。
四、协商赔偿事宜或走法律程序
自行协商：
- 如果事故责任明确，双方对赔偿事宜没有争议，可以自行协商解决。与对方车主及其保险公司沟通，确定赔偿金额和方式。
申请调解：
- 若双方自行协商不成，可以向公安机关交通管理部门申请调解，也可以向人民调解委员会等组织申请调解。在调解过程中，保持冷静和理性，尊重对方的意见。
提起诉讼：
- 如果调解也无法解决问题，可以通过法律途径解决纠纷。向法院提起民事诉讼，要求对方承担相应的赔偿责任。在诉讼过程中，提供充分的证据证明自己的损失和对方的过错。
希望以上步骤能帮助您妥善处理这一事故。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。