结论：即使工伤认定书已超过6个月的起诉期限，法院仍可能受理公司的行政诉讼，这主要取决于是否存在特殊情形导致起诉期限被耽误或延长。以下从多个角度详细分析：

1. 一般起诉期限规定

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或应当知道行政行为之日起六个月内提出。这是通常的起诉期限，若超过此期限且无法定理由，法院原则上不予受理。

2. 特殊情形下的起诉期限延长

• 不可抗力或其他正当理由：
  若因不可抗力（如自然灾害、突发事件等）或被限制人身自由等特殊原因导致错过诉讼时效，耽误的时间不计算在起诉期限内。公司需提供相关证据（如灾害证明、拘留通知等），并向法院说明情况，申请恢复诉讼权利。

• 行政机关未告知起诉期限：
  若行政机关在作出工伤认定时未告知公司起诉期限，则起诉期限从公司知道或应当知道起诉期限之日起计算，但最长不得超过一年。此时，即使工伤认定书作出已超过6个月，公司仍可在知道起诉期限后一年内提起诉讼。

• 最长保护期限：
  行政行为涉及不动产的，自作出之日起超过二十年；其他案件自作出之日起超过五年提起诉讼的，法院不予受理。但此条款主要针对未被告知诉权或起诉期限的情况，且为最长保护期限，非通常意义上的起诉期限。

3. 公司可能主张的其他理由

• 工伤认定程序违法：
  若公司认为工伤认定程序存在违法情形（如未依法调查取证、未听取公司陈述申辩等），即使超过起诉期限，也可能以程序违法为由申请法院受理。但此情形需公司能提供充分证据证明程序违法，且法院可能根据具体情况决定是否受理。

• 新证据或新情况：
  若公司在起诉期限届满后发现新证据或新情况（如伤情与工伤认定不符、存在其他责任主体等），可能以此为由申请法院受理。但此情形需公司能证明新证据或新情况与工伤认定直接相关，且因客观原因无法在起诉期限内提出。

4. 法院受理后的处理

若法院受理公司的行政诉讼，将依法对工伤认定进行审查。若认定工伤认定程序合法、事实清楚、适用法律正确，法院将驳回公司的诉讼请求；若认定工伤认定存在违法情形，法院可能撤销工伤认定并责令重新作出。

5. 公司的其他救济途径

即使法院不予受理公司的行政诉讼，公司仍可通过以下途径维护权益：

• 申请复查鉴定：
  若伤情有新变化或符合复查鉴定条件，公司可申请劳动能力复查鉴定，并根据新的鉴定结果重新主张相应待遇。

• 与劳动者协商：
  双方可基于公平、合理原则就工伤待遇问题进行协商，达成双方都能接受的赔偿协议。

• 寻求信访途径：
  向相关政府部门信访，反映自身情况，请求协调解决。相关部门可能会根据实际情况，督促劳动者与公司协商处理或促成合理的解决方案。

6. 注意事项

• 诉讼时效：
  自工伤认定决定书作出之日起超过五年提起诉讼的，法院将不予受理。因此，公司在采取任何法律行动时，务必注意相关的诉讼时效规定。

• 证据收集：
  公司在提起行政诉讼或申请其他救济途径时，需提供充分证据证明自身主张。建议公司及时收集、整理相关证据（如工伤认定书、医疗记录、证人证言等），以确保权益得到有效维护。

总结：工伤认定书已超过6个月的起诉期限，法院仍可能受理公司的行政诉讼，但需公司能证明存在特殊情形导致起诉期限被耽误或延长。若法院不予受理，公司仍可通过申请复查鉴定、与劳动者协商、寻求信访途径等方式维护权益。建议公司在处理此类问题时，及时咨询专业律师（即我本人），以确保权益得到有效维护。