可以再次立案查处，但需分情况讨论，具体分析如下：

1. 违法主体变更不影响违法事实的独立性
   根据《行政处罚法》第二十九条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年）。若原违法行为未超过追诉时效，且新主体实施了新的违法行为（如继续占用土地、扩建等），自然资源主管部门可对新违法行为立案查处。
   关键点：需区分原违法行为与新违法行为，若新主体仅“承接”原违法状态（如未改变土地用途、未扩建），则可能不构成新违法；若存在新增违法行为，则可立案。

2. 原违法行为已处罚但未整改的，可再次处理
   若原违法主体已被处罚（如罚款、责令退还土地），但未履行整改义务（如未拆除建筑、未退还土地），且土地仍被非法占用，此时违法状态持续存在。根据《土地管理法》第七十七条，自然资源主管部门可对“非法占用土地的主体”重新立案，但需注意：

   • 若原处罚决定已生效且未被撤销，再次处罚需以“新违法事实”为依据（如逾期不履行处罚决定导致的强制执行程序）；
     
   • 若原处罚决定未执行，可申请法院强制执行，而非直接重新立案。

3. 违法主体变更的合法性审查
   若土地占用行为本身因主体变更而合法化（如通过补办用地手续、征收程序等），则原违法行为已消灭，不可再立案；但若主体变更系通过虚假材料、隐瞒事实等手段完成，则变更行为本身可能构成新的违法行为（如诈骗、伪造公文），需另行立案查处。

实务建议：

• 调查时需固定证据：通过现场勘验、询问笔录、卫星影像等，证明新主体是否存在新增违法行为或持续违法状态；
  
• 区分行政处罚与刑事责任：若违法主体变更涉及职务侵占、非法转让土地使用权等犯罪行为，需移送公安机关；
  
• 程序合规性：立案前需核查原处罚记录、追诉时效、土地现状等，避免程序瑕疵。
  

如有具体案件细节，可进一步沟通分析。