违法占地变更主体属于较为复杂的法律问题，核心结论是需根据具体情况，通过合法程序纠正违法行为并明确责任主体，具体处理方式如下：
明确违法占地的事实与责任主体
- 首先，需要确认违法占地的具体事实，包括占地的面积、位置、用途以及违法占地的主体（即原占地者）。
- 通过调查取证，如土地使用记录、规划许可文件、现场勘查等，来明确违法占地的责任主体。
依法进行土地权属变更（如涉及）
- 如果违法占地涉及土地权属的变更，如非法转让、出租土地等，需要依法进行土地权属的纠正。
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地权属的变更必须依法进行，未经批准擅自变更的，属于违法行为。
- 在纠正违法占地行为时，需要依法办理土地权属变更手续，确保土地权属的合法性和明确性。
追究原占地者的法律责任
- 对于违法占地的原占地者，需要依法追究其法律责任。
- 根据违法占地的性质和情节，原占地者可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）或刑事处罚（如构成非法占用农用地罪等）。
- 在追究法律责任的同时，还可以要求原占地者承担恢复土地原状、赔偿损失等民事责任。
处理变更后的主体问题
- 如果违法占地行为已经导致土地实际使用人的变更，需要明确变更后的主体是否合法。
- 如果变更后的主体是通过合法方式取得土地使用权的，如通过招标、拍卖、挂牌等公开竞价方式取得，且符合土地利用总体规划和城市规划等要求的，可以依法确认其土地使用权。
- 如果变更后的主体是通过非法方式取得土地使用权的，如通过欺诈、胁迫等手段取得，或者未经批准擅自变更土地使用权的，需要依法撤销其土地使用权，并追究相关责任人的法律责任。
加强监管与预防
- 在处理违法占地变更主体问题的同时，还需要加强土地监管力度，防止类似违法行为的再次发生。
- 通过完善土地管理制度、加强执法力度、提高公众法律意识等措施，来预防和减少违法占地行为的发生。