农村集体土地擅自改变用途或性质属于违法行为，需根据具体情况承担行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体处理方式如下：

1. 行政责任：责令整改、罚款或收回土地
   根据《土地管理法》第七十七条、第八十二条，未经批准擅自将农用地（如耕地、林地）转为建设用地，或改变集体土地用途的，由县级以上自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款（罚款标准为耕地开垦费的2倍以下，具体按地方规定执行）。若拒不整改，可能面临强制拆除地上建筑物、收回土地使用权等措施。
   例如：村民未经批准在耕地上建房，可能被责令拆除房屋、恢复土地原状，并处每平方米100元以下罚款。

2. 民事责任：赔偿损失或恢复原状
   若擅自改变土地用途导致其他集体成员权益受损（如破坏耕地影响他人承包经营权），需承担民事赔偿责任，包括赔偿经济损失或恢复土地原状。
   例如：企业租用集体土地后擅自填埋鱼塘用于工业堆放，需赔偿原承包户的鱼塘收益损失。

3. 刑事责任：非法占用农用地罪
   若擅自改变土地用途的行为符合《刑法》第三百四十二条，即“违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（如非法占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），造成耕地、林地等农用地大量毁坏”，可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
   例如：开发商未经审批占用20亩耕地建别墅，可能被追究刑事责任。

处理流程建议：

1. 立即停止违法行为：若已擅自改变土地用途，应第一时间停止施工或使用，避免损失扩大。
   
2. 补办审批手续：若符合规划且未造成严重后果，可尝试向自然资源部门申请补办用地审批手续（如转为建设用地需办理农用地转用审批）。
   
3. 配合调查与整改：若已被行政机关立案调查，需积极配合提供材料、接受处罚，并主动整改以减轻责任。
   
4. 争议解决：若对处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼；若涉及民事赔偿，可通过协商或诉讼解决。

温馨提示：农村集体土地使用需严格遵循“依法审批、按规划用途使用”的原则，任何擅自改变行为均可能面临法律风险。如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。