违停时驾驶员在车上，交警直接开罚单是否合法，需分情况讨论：
合法情形：
- 妨碍交通时：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十三条，若机动车未在规定泊位内停放，且驾驶人虽在现场但拒绝立即驶离，同时该违停行为妨碍了其他车辆、行人的通行，交警有权直接开具罚单。这是交警依法履行职责，维护交通秩序的必要措施。
- 严重违停情况：在某些严重影响交通秩序、堵塞通道等严重违停情况下，交警为了及时维护交通秩序，可能会直接开具罚单而不先贴警告单。这种处理方式在法律上也是被允许的，旨在迅速恢复交通畅通。
不合法或需谨慎处理的情形：
- 未履行告知义务：在设有禁停标志但同时存在特殊情况或可能引起误解的区域，如果交警没有事先通过合理方式（如设置明显引导标识、口头告知等）向驾驶人说明停车规定，直接开罚单可能存在不合理性。此时，驾驶人有权对罚单提出异议。
- 事实认定错误：如果交警误将合法停车判断为违停，例如在允许临时停车且驾驶人未离开车辆的情况下开罚单，这种罚单是不合法的。驾驶人可以通过合法途径进行申诉和复议。
- 程序违规：交警在执法过程中必须遵循法定程序，包括表明身份、给予当事人陈述和申辩机会等。若未按照这些程序执法，直接开具罚单则可能构成违规。驾驶人同样有权对此提出异议。
法律建议：
- 配合执法：当交警指出违停行为时，驾驶人应首先配合执法，如果认为执法不当或有异议，可以在配合执法的同时，记录下执法交警的警号、执法时间、地点等信息，以便后续申诉。
- 申诉与复议：如果驾驶人认为违停罚单开具不合法，可以通过向作出处罚决定的交警部门提出陈述和申辩、依法申请行政复议或提起行政诉讼等途径进行申诉和复议。在申诉时，应准备好事发现场照片、行车记录仪影像等相关证明材料，以支持自己的主张。
可能后果：
- 合法罚单：如果罚单开具合法，驾驶人需按时缴纳罚款，否则可能面临滞纳金、强制执行等后果。
- 不合法罚单：如果罚单开具不合法，驾驶人通过申诉和复议成功撤销罚单后，将无需承担罚款等法律责任。
总之，违停时驾驶员在车上，交警直接开罚单的合法性取决于具体情况和法定程序的遵循。驾驶人应了解自己的权利和义务，在遇到违停罚单时，根据实际情况采取合适的应对措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。