结论：法院判决个人虚开发票后，税务局是否追究公司责任不能一概而论，需分情况讨论。

1. 若公司对个人虚开发票行为不知情且无过错
   根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》，税务机关的追责需以“过错”为前提。若公司能证明对个人虚开发票行为完全不知情（例如：个人私刻公章、伪造合同等），且已尽到合理审查义务（如核对发票真实性、交易背景等），则税务局通常不会追究公司责任。但公司需配合税务机关调查，提供相关证据（如内部审批流程、财务记录等）自证清白。

2. 若公司存在过错或疏忽
   若公司存在以下情形，税务局可能追究公司责任：

   • 明知或应知个人虚开发票：例如公司财务人员发现发票异常（如开票方与合同方不一致、金额与实际交易不符等），但未进一步核实或默许报销；
     
   • 未履行审查义务：公司未建立有效的发票管理制度（如未核对开票方资质、未留存交易合同等），导致个人虚开发票行为得逞；
     
   • 从虚开发票中获利：例如公司通过虚开发票虚增成本、少缴税款，或获取其他非法利益。
     此时，税务局可能根据《税收征收管理法》第六十三条，认定公司构成“偷税”，追缴税款、滞纳金，并处以罚款（最高可达五倍税款）；若情节严重（如虚开税款数额较大），还可能移送公安机关追究刑事责任。

3. 若公司被认定为“善意取得虚开发票”
   根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），若公司同时满足以下条件，税务局可能不追缴已抵扣税款，但会要求公司补缴对应进项税额转出：

   • 购货方与销售方存在真实交易；
     
   • 销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票；
     
   • 专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；
     
   • 购货方不知销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
     但需注意，若公司无法提供充分证据证明“善意”，税务局仍可能按“恶意取得”处理，追究公司责任。

建议：

• 若公司涉及此类案件，应立即梳理交易流程、发票管理记录等证据，评估自身过错程度；
  
• 积极配合税务机关调查，主动说明情况，避免被认定为“抗拒检查”；
  
• 若对税务处理决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

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