针对您提出的“个人公司虚开发票谁负责”的问题，这是一个涉及法律责任的重要议题，我将从责任归属、法律责任以及处理流程三个方面为您详细解答。
一、责任归属
在个人公司虚开发票的情况下，责任归属通常取决于具体参与人员的角色和职责。一般来说，责任人员可以分为两类：
直接负责的主管人员：
- 这包括公司的法定代表人、财务负责人以及经营负责人等。如果他们知晓并默许、指示或参与决策虚开发票行为，将需要承担法律责任。例如，法定代表人可能在会议上示意财务人员通过虚开发票来降低成本、增加利润；财务负责人可能为了粉饰财务报表而指使会计人员虚开发票；经营负责人可能为了公司业绩或个人利益安排员工虚开发票。
其他直接责任人员：
- 这主要指直接操作发票开具和账务处理工作的会计人员、开票人员等。如果他们明知是虚开发票仍进行相关操作，也将被追究责任。例如，会计人员可能按照上级要求在没有真实业务发生的情况下开具增值税专用发票；开票人员可能未核实业务真实性即随意开具发票。
特殊情况：如果员工背着公司独自进行虚开发票行为，且公司对此毫不知情，则主要责任由该员工承担。但如果公司因管理不善导致他人有机会虚开发票，公司也可能因未尽到管理职责而承担一定的责任。
二、法律责任
虚开发票行为将面临严重的法律责任，包括行政责任和刑事责任。
行政责任：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》，虚开发票的，税务机关将没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，处5万元以上50万元以下罚款。
刑事责任：
- 依据《中华人民共和国刑法》，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处2万元以上20万元以下罚金；虚开的税款数额较大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金或没收财产。单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。
三、处理流程
对于虚开发票行为，税务机关和司法机关将按照以下流程进行处理：
税务稽查：
- 税务机关在发现虚开发票行为后，会进行税务稽查，核实相关情况。稽查过程中，税务机关有权要求纳税人提供相关资料和证据。
行政处罚决定：
- 经查实存在虚开发票行为的，税务机关将依法作出行政处罚决定，包括没收违法所得、罚款等。
移送司法机关：
- 如果虚开发票行为涉嫌犯罪，税务机关将案件移送司法机关处理。司法机关将依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
综上所述，个人公司虚开发票行为的责任归属需综合考虑各责任人员的参与程度、职责范围以及公司的管理制度等因素。在实际操作中，应依据相关法律法规进行具体分析，以确保法律责任的准确界定和承担。希望以上解答能够对您有所帮助。