对于交通肇事罪不起诉的正科职干部，通常会根据具体情况接受党纪政务处分，并可能面临内部职务调整或降级处理。以下从法律和纪律处分两个角度进行详细分析：

1. 法律层面：不起诉后的处理
   根据《刑事诉讼法》第177条，若检察院作出不起诉决定（如法定不起诉、酌定不起诉或证据不足不起诉），案件在法律上视为未进入审判阶段，被不起诉人原则上不会留下刑事犯罪记录。但需注意：

   • 行政处罚：交通肇事行为若违反《道路交通安全法》，仍可能面临吊销驾照、罚款等行政处罚，与职务无关，但可能影响个人信用记录。
     
   • 民事赔偿：若造成他人损害，需通过民事诉讼承担赔偿责任，与职务处理无直接关联。

2. 纪律处分层面：针对公职人员的特殊处理
   正科职干部作为公职人员，即使未被刑事起诉，仍可能因违反《中国共产党纪律处分条例》或《公职人员政务处分法》受到纪律处分：

   • 党纪处分：根据《中国共产党纪律处分条例》第28条，党员若存在违法行为且情节较重，可给予警告至开除党籍处分。交通肇事罪虽未起诉，但若行为构成“违反国家法律法规”，可能被认定为“违纪”，给予警告、严重警告、撤销党内职务等处分。
     
   • 政务处分：根据《公职人员政务处分法》第40条，公职人员因故意违法犯罪被判处管制、拘役或有期徒刑以上刑罚（含免于刑事处罚）的，应予以开除；但若因过失犯罪被不起诉，可能根据情节轻重给予警告、记过、记大过、降级、撤职或开除处分。
     
   • 职务调整：即使未被开除，单位可能基于“过失责任”或“社会影响”对其职务进行调整，如调离关键岗位、降级使用等。

3. 具体处理流程

   • 调查阶段：纪检监察机关会启动调查，核实事故责任、是否存在违规操作（如酒驾、逃逸等）及社会影响。
     
   • 处分决定：根据调查结果，依据党纪政务法规作出处分决定，可能单独或合并适用多种处分措施。
     
   • 申诉途径：若对处分不服，可按《中国共产党党员权利保障条例》或《公职人员政务处分法》规定提出申诉。

建议：若涉及具体案件，需结合事故责任认定、是否存在违规行为（如酒驾、逃逸）、单位内部规定等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体细节提供更精准的分析。