当检察院对交通肇事罪作出不起诉决定后，案件的处理涉及多个方面，包括驾驶证的处理、被不起诉人、被害人及公安机关的权益与责任。以下是对此问题的详细解答：
一、驾驶证的处理
不构成犯罪的一般交通肇事违法情形：
- 若交通肇事行为未达到犯罪标准，仅构成一般交通违法行为，且检察院因情节轻微等理由作出酌定不起诉决定，公安机关交通管理部门将依据事故情节和违法情况进行行政处罚。
- 处罚措施可能包括扣分、罚款，甚至暂扣或吊销驾驶证，具体依据《机动车驾驶证申领和使用规定》及《道路交通安全法》的相关规定执行。
构成犯罪但因法定情形不起诉的情形：
- 根据《道路交通安全法》第一百零一条规定，发生重大交通事故并构成犯罪的，无论检察院是否起诉，公安机关交通管理部门都将吊销机动车驾驶证。
- 禁驾期限根据具体情况确定，如造成交通事故后逃逸的，将被吊销机动车驾驶证且终生不得重新取得；若无逃逸等特别严重情节，吊销驾驶证后的禁驾期限通常为2年。
特殊情况下的处理：
- 若交通肇事行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪而决定不起诉的，驾驶证一般不会被吊销，仍可正常使用。
- 存在自首、立功等从宽处理情节而决定不起诉的，驾驶证的处理可能因具体情况而异，但仍需对其交通违法行为进行相应处罚。
二、对被不起诉人的处理
立即释放与解除强制措施：
- 若被不起诉人在押，应立即释放，并解除侦查过程中采取的查封、扣押、冻结等强制措施，将财物返还给被不起诉人。
非刑罚性责任承担：
- 检察院可根据案件具体情况，对被不起诉人予以训诫、责令具结悔过、赔礼道歉或赔偿损失。
- 对于犯罪情节轻微，不需判处刑罚或免除刑罚的被不起诉人，检察院可向有关主管机关提出行政处罚、行政处分的检察意见。
三、对被害人的处理
保障申诉权利：
- 被害人如不服检察院的不起诉决定，可在收到决定书后七日内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。
直接起诉途径：
- 被害人也可不经申诉，直接向人民法院提起刑事自诉，由法院决定是否受理和审判。
权益保护与法律援助：
- 应积极与受害人沟通，了解其诉求，提供必要的法律援助和支持，如协助申请国家赔偿或其他救济途径。
四、对公安机关的处理
- 复议、复核权利：
- 公安机关如认为不起诉决定有错误，可要求复议；若意见不被接受，可向上一级检察院提请复核。
五、综合建议
详细了解不起诉决定书的内容和理由：
- 为下一步行动提供方向，确保对案件有全面、准确的理解。
考虑证据补充与完善：
- 如因证据不足导致不起诉，可考虑寻找新证据或重新整理现有证据，以改变检察院或法院的看法。
准备应对后续法律程序：
- 做好应对可能出现的上诉、异议等后续法律程序的准备，确保案件处理的全面性和完整性。
咨询当地交通管理部门或专业律师：
- 由于不同地区对于交通肇事罪不起诉后驾驶证的处理规定可能存在差异，建议及时咨询当地交通管理部门或专业律师以获取准确指导。
综上所述，当检察院对交通肇事罪作出不起诉决定后，应从多个方面综合考虑和处理相关问题，既要确保法律程序的正确性，又要保护各方当事人的合法权益。