关于绩效评价询价中参与第三方少于3家程序是否合法合规的问题，这确实是一个涉及政府采购和预算绩效管理的重要环节。以下是我根据相关法规和指导意见，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在一般的政府采购或预算绩效管理项目中，邀请不少于3家符合相应资格条件的供应商（或第三方机构）参与是基本原则。这一原则旨在确保采购或评价的公开、公平、公正，通过多家供应商的竞争，提高采购或评价的质量和效益。

然而，在实际操作中，确实存在一些特殊情况，导致实质性响应的供应商（或第三方机构）少于3家。对于这种情况，是否可以继续进行采购或评价活动，需要根据具体法规和项目性质来判断：

1. 一般原则：

   • 如果提交响应文件的供应商（或第三方机构）少于3家，且不符合特定情形，那么根据《政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》等相关规定，不能继续开展磋商或评价活动。这是因为少于3家的供应商可能无法形成有效的竞争，影响采购或评价的公正性和质量。

2. 特定情形：

   • 对于市场竞争不充分的科研项目、需要扶持的科技成果转化项目，以及《财政部关于政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法有关问题的补充通知》规定的政府购买服务项目（含政府和社会资本合作项目），如果实质性响应的供应商只有2家，也可以继续开展磋商或评价活动。但需要注意的是，这里的“实质性响应”是指供应商的响应文件符合磋商或评价文件的要求，而不仅仅是提交了响应文件。

3. 实务操作建议：

   • 在实务操作中，如果确实遇到提交响应文件的供应商少于3家的情况，建议首先进行符合性评审，确定实质性响应的供应商数量。
   • 如果实质性响应的供应商少于3家且不符合特定情形，应终止采购或评价活动，并重新组织邀请供应商。
   • 如果符合特定情形，且经评审小组评审认定项目信息公告和磋商（或评价）文件没有违法违规之处，采购人可以继续进行采购或评价活动，但应书面报告本级财政部门，以便监管部门及时介入和监督。

4. 预算绩效管理的特殊要求：

   • 在预算绩效管理中，委托第三方机构参与评价时，也应遵循上述原则。同时，根据《关于委托第三方机构参与预算绩效管理的指导意见》，委托方应严格按照政府采购、政府购买服务的程序和要求选取第三方机构，确保选取的机构专业能力突出、机构管理规范、执业信誉较好。

综上所述，绩效评价询价中参与第三方少于3家程序是否合法合规，需要根据具体法规和项目性质来判断。在一般情况下，应邀请不少于3家供应商参与；在特定情形下，如果实质性响应的供应商只有2家且符合相关规定，也可以继续开展活动。但无论如何，都应确保采购或评价的公开、公平、公正，并严格遵守相关法规和指导意见。