结论：在合同中同时约定了包干价和以实际工程量为准的情况下，具体以哪个为准，需根据合同的具体条款、双方的真实意思表示以及相关法律规定来综合判断。以下从几个不同角度进行分析：
合同条款的明确性：
- 如果合同中对于包干价和以实际工程量为准的条款有明确的优先级规定，比如明确指出“在存在争议时，以实际工程量为准”或“包干价为最终结算价，不受实际工程量影响”，那么应优先遵循该明确规定。
- 若合同条款之间存在模糊或冲突，且没有明确的优先级规定，则需要进一步分析双方的真实意思表示以及合同的其他相关条款。
双方的真实意思表示：
- 在签订合同时，双方的真实意图是确定合同内容的关键。如果双方在合同谈判或签订过程中，有明确的沟通记录或书面材料表明双方更倾向于以实际工程量为准进行结算，那么这可能成为判断的重要依据。
- 反之，如果双方明确表示包干价是固定不变的，且不受实际工程量影响，那么应尊重双方的真实意思表示。
相关法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，应当遵循公平、诚实信用的原则。在合同条款存在模糊或冲突时，应倾向于保护相对弱势方的利益，同时考虑行业的交易习惯和惯例。
- 如果合同中的包干价条款被认定为显失公平或存在欺诈、胁迫等情形，那么该条款可能被认定为无效或可撤销，此时以实际工程量为准进行结算可能更为合理。
实践中的处理方式：
- 在实践中，对于同时约定了包干价和以实际工程量为准的合同，如果双方无法就结算方式达成一致，通常会通过诉讼或仲裁的方式解决争议。
- 法院或仲裁机构在审理此类案件时，会综合考虑合同的具体条款、双方的真实意思表示、相关法律规定以及行业的交易习惯和惯例等因素，来作出公正的裁决。
建议：
- 对于您目前的情况，我建议首先仔细审查合同的具体条款，特别是关于包干价和以实际工程量为准的条款，看是否有明确的优先级规定或解释。
- 如果合同条款存在模糊或冲突，且双方无法就结算方式达成一致，我建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决争议。
- 在未来的合同签订过程中，我建议明确约定结算方式，避免类似争议的发生。如果确实需要同时约定包干价和以实际工程量为准，应明确规定在何种情况下以哪个为准，以减少后续的风险和纠纷。
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