结论：合同中约定“本协议自双方签字、按手印之日起永久生效”，若仅签字而未按手印，合同是否生效需分情况讨论，一般情况下合同仍可能生效，但需结合具体情形判断。
合同生效的一般条件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。合同生效通常需要满足以下条件：
- 行为人具有相应的民事行为能力：即签订合同的双方需具备相应的民事权利能力和民事行为能力，能够理解并承担合同中的权利和义务。
- 意思表示真实：合同双方签订合同时的意思表示需真实、自愿，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：合同内容需合法合规，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背社会公德和公共秩序。
关于签字与按手印的效力分析
签字与按手印的法律意义：
- 签字：是合同双方对合同内容表示认可和接受的一种方式，具有确认合同内容、表明身份和意愿的作用。
- 按手印：在法律上，按手印通常被视为一种更为严格的身份确认方式，尤其在涉及重要合同或当事人文化程度不高、无法书写的情况下，按手印可以作为一种有效的补充确认手段。
仅签字未按手印的合同效力：
- 若合同未特别约定必须同时签字和按手印：在此情况下，签字本身即具有确认合同内容、表明身份和意愿的法律效力。因此，即使未按手印，合同仍可能因双方签字而成立并生效。
- 若合同特别约定必须同时签字和按手印：虽然合同中有此约定，但签字和按手印在法律上并非必须同时具备才能产生法律效力。签字本身已经足够表明双方对合同内容的认可和接受。然而，如果一方能够证明因未按手印而导致合同存在瑕疵或争议，可能会影响合同的证明力和执行力。但这种情况较为罕见，且需要具体证据支持。
实际操作中的建议
- 完善合同签订手续：为避免潜在争议，建议在签订合同时尽量同时完成签字和按手印的手续。这不仅可以增强合同的证明力，还可以减少因手续不全而引发的纠纷。
- 保留相关证据：在签订合同过程中，应保留好与合同签订相关的所有证据，如签字样本、按手印记录、合同文本等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
- 及时咨询专业律师：如果在合同签订或履行过程中遇到任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取专业意见和帮助。
最后，合同中约定“本协议自双方签字、按手印之日起永久生效”，若仅签字而未按手印，在一般情况下合同仍可能生效。但为避免潜在争议和纠纷，建议在签订合同时尽量完善相关手续并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。