针对您提出的问题“合同双方约定签字盖章后生效但一方只签字”，以下是对此问题的详细解答：

一、法律层面的解读

1. 签字与盖章的法律意义：

   • 签字：从法律角度看，签字行为表明当事人对合同内容的认可与同意，是合同生效的一个重要条件。
   • 盖章：盖章主要起到确认合同主体身份和增强合同证明力的作用，但并非合同生效的必要条件。

2. 仅签字是否有效：

   • 在一般情况下，即使合同约定需要签字盖章后生效，但只要当事人具有相应的民事行为能力，签字真实，意思表示真实，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体及他人的合法权益，那么仅签字的合同也是具有法律效力的。

二、实际操作中的建议

1. 明确合同约定：

   • 为防止日后产生争议，建议在合同中明确约定，仅签字或签字并盖章都可视为合同生效的条件。这样可以增强合同效力的确定性，避免因合同生效形式的模糊而引发不必要的纠纷。

2. 注意行业惯例：

   • 有些合同可能基于行业惯例、交易习惯或当事人的特别约定，需要签字并盖章才生效。因此，在签订合同时，应充分考虑这些因素，并咨询相关专业人士的意见。

3. 保留证据：

   • 在合同签订过程中，应妥善保留相关证据，如签字过程的记录、双方沟通的记录等，以备日后可能发生的争议。

三、案例分析

以您提供的案例为例，小何与小李签订商业合同，合同约定签字盖章后生效。但小李仅在合同上签字未盖章，之后小何以合同未盖章为由认为合同未生效。从法律层面看，只要小李的签字真实，意思表示真实，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，那么仅签字的合同也是具有法律效力的。但为防止类似争议的发生，建议在合同中明确约定生效条件。

综上所述，合同约定签字盖章后生效但一方只签字的情况下，从法律层面看，仅签字的合同在一般情况下也是具有法律效力的。但为增强合同效力的确定性和避免不必要的纠纷，建议在合同中明确约定生效条件，并充分考虑行业惯例和交易习惯。