针对您提出的“合同约定签字盖章后生效，只盖章是否有效”的问题，这确实是一个涉及合同法和实际交易习惯的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里的“签名、盖章或者按指印”是并列关系，意味着只要满足其中之一，合同在法律上就可以视为成立。但合同的生效条件，则可能根据合同的具体约定而有所不同。
一、合同约定与生效条件的分析
一般原则：
- 如果合同中仅提及“盖章签字生效”，但并未明确说明必须同时具备两者，那么从法律的角度来看，盖章即可视为合同成立并生效的有效方式。在这种情况下，即便没有签字，合同仍然可能具有法律效力。
特定约定：
- 如果双方在实际交易习惯中有明确约定，或者对“盖章签字生效”有特定的理解，即认为必须同时满足盖章和签字条件合同才生效，那么仅有盖章时合同的效力将存疑。此时，需要结合具体证据和事实来认定合同的效力，比如双方之前的交易记录、沟通记录等。
二、影响合同效力的其他因素
真实意思表示：
- 合同内容应不违反法律法规的强制性规定，并且是双方真实意思的表示。这是合同有效性的基本要求。如果盖章并非基于双方的真实意思表示，那么合同的效力将受到影响。
盖章主体与印章真伪：
- 盖章主体的权限以及印章的真伪也是影响合同效力的关键因素。如果盖章并非合同约定主体所盖，或者印章存在伪造等情形，那么合同的效力将受到严重影响，甚至可能被视为无效合同。
三、实际履行对合同效力的影响
- 即使合同未同时满足盖章和签字条件，但如果一方已经履行了合同的主要义务，且对方已接受，根据《民法典》的规定，该合同仍被视为成立并生效。这是因为实际履行行为已经表明了双方对合同内容的认可和接受。
四、建议与实践
- 为避免后续纠纷的发生，建议在签订合同时，双方应明确约定生效条件及签字盖章事宜。这包括但不限于明确是“签字或盖章”还是“签字并盖章”生效，以及盖章的具体要求（如盖章主体、印章类型等）。
- 在实际操作中，如果双方对合同的生效条件存在争议，可以寻求法律途径解决，比如通过法院或仲裁机构进行裁决。
综上所述，合同约定盖章签字生效但只有盖章的情况下，合同是否有效需结合具体的合同约定、相关法律法规的规定以及实际情况进行综合判断。在实践中，应充分考虑各种因素，以确保合同的合法性和有效性。希望这个解答能够对您有所帮助。