针对您提出的“合同约定签字盖章后生效，只盖法人章是否有效”的问题，我们需要从多个角度进行综合分析。
首先，从法律基础来看，《中华人民共和国民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，在法律上，“签字”和“盖章”是具有同等效力的选择关系，并非必须同时具备。因此，如果合同中仅约定了“签字盖章后生效”，但并未明确必须同时满足两者，那么仅加盖法人章，合同在法律上仍然是有可能成立并生效的。
然而，我们还需要考虑合同的具体约定。如果合同中明确规定了“合同自双方签字并盖章后生效”，或者双方在实际交易习惯中有这样的特定理解，即认为必须同时满足签字和盖章条件合同才生效，那么在这种情况下，仅有法人章而缺少签字，合同的效力就会存疑。此时，我们需要结合具体的证据和事实，如双方的实际履行情况、交易习惯等，来综合判断合同的效力。
另外，我们还需要关注盖章的主体和印章的真伪。法人章作为公司的一种官方印章，其加盖应代表公司的真实意思表示。如果盖章并非由合同约定的主体所盖，或者印章存在伪造等情形，那么合同的效力将受到严重影响。
最后，从实际履行的角度来看，即使合同未同时满足签字和盖章的条件，但如果一方已经履行了合同的主要义务，且对方已接受，那么根据《民法典》的规定，该合同仍被视为成立并生效。
综合建议：
明确合同约定：在签订合同时，双方应明确约定合同的生效条件，包括是“签字或盖章”还是“签字并盖章”生效，以及盖章的具体要求（如盖章主体、印章类型等）。
核实印章真实性：在签订合同前，应仔细核实法人章的真实性，确保印章是由合同约定的主体所盖，且印章本身真实有效。
完善合同形式：为了确保合同的执行和争议解决，建议尽量完善合同形式，包括加盖公章和由法定代表人或其授权代表签字。
及时咨询法律人士：若因合同效力问题产生纠纷或疑问，建议及时咨询专业法律人士，以获取准确的法律意见和解决方案。
综上所述，合同约定签字盖章后生效，但只盖法人章的情况下，合同是否有效需结合具体的合同约定、相关法律法规的规定以及实际情况进行综合判断。