合同只加盖合同章而不加盖法人章，在大多数情况下仍然是有效的。以下是对此问题的详细分析：
合同有效的核心要素
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的有效性主要取决于以下核心要素：
- 行为人具有相应的民事行为能力：签订合同的双方或多方必须具备法律规定的民事行为能力，能够理解和承担合同所规定的权利和义务。
- 意思表示真实：合同的内容必须是各方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形，确保合同是基于双方的自愿和真实意愿达成的。
- 不违反法律或社会公共利益：合同的内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益，这是合同合法性的基本要求。
- 符合法定形式（如法律有特别要求）：除非法律另有规定，否则合同的形式并非绝对必要条件。但某些特定类型的合同可能需要满足特定的形式要求，如书面形式、公证等。在一般情况下，合同章的使用即满足了书面形式的要求。
合同章与法人章的作用
- 合同章：合同章是公司专门用于签订合同的印章，具有代表公司签订合同的法律效力。加盖合同章即表明公司对合同内容的认可和承诺。
- 法人章：法人章是代表企业法人的印章，通常用于证明企业的身份和意愿。然而，在合同签订过程中，法人章并非必要条件，其作用主要体现在增强合同的公信力和执行力方面，但并非合同生效的必备要素。
合同只加盖合同章的有效性分析
合同章的法定效力：
- 合同章作为公司专门用于签订合同的印章，具有代表公司签订合同的法律效力。因此，合同上加盖合同章，即使没有法人章，也通常视为公司对合同内容的认可和承诺，合同依法成立并生效。
符合交易习惯或授权：
- 在商业实践中，如果双方根据交易习惯或以往合作模式，认可仅加盖合同章即可使合同生效，那么此类合同有效。
- 若公司内部有明确规定，授权特定人员使用合同章签订合同，则此类合同同样有效，无需法人额外盖章。
实际履行情况：
- 在某些情况下，即使合同未加盖法人章，但如果双方已经按照合同约定实际履行了义务，且对方也接受了这种履行，那么该合同也可能因实际履行而被认定为有效。
合同可能无效的特殊情况
尽管合同只加盖合同章在大多数情况下是有效的，但也存在一些特殊情况可能导致合同无效或效力待定：
合同章被伪造或盗用：
- 如果合同章被他人伪造或盗用后加盖在合同上，且公司对此并不知情且未追认，则该合同无效。因为此时的盖章行为并非公司的真实意思表示。
存在法定无效事由：
- 合同内容若违反法律法规的强制性规定，或存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等法定无效情形，即使加盖了合同章，合同也无效。
合同约定特别生效条件：
- 当事人在合同中特别约定了合同必须在签字并加盖合同章和法人章后才生效的情况下，仅有合同章而没有法人章的合同不会生效。这是尊重当事人意思自治的体现。但这种情况较为少见，且需要合同中有明确的约定。
结论与建议
综上所述，合同只加盖合同章而不加盖法人章，在大多数情况下仍然是有效的。但为了确保合同的合法有效，建议在签订合同时仔细审查合同条款，特别是关于生效条件的约定。同时，公司在日常管理中也应规范合同章的使用，确保合同章的真实性和权威性，防止合同章被滥用或盗用。如果您在合同签订过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。