在刑事判决执行时，被告人用违法犯罪所得出资形成的第三人代持股权，一般会被认定为违法所得的转化形态，依法应予以追缴或没收。以下从不同角度进行详细分析：

一、法律性质认定

1. 违法所得的转化：被告人使用违法犯罪所得的资金进行投资，形成的股权属于违法所得的转化形态。根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。因此，这种代持股权应被视为违法所得的一部分，依法应予以处理。
2. 代持协议的效力：虽然股权由第三人代持，但代持协议本身并不能改变股权的违法性质。如果代持协议是在被告人违法犯罪之后签订的，且第三人明知或应知资金来源的违法性，那么该协议可能因违反法律强制性规定或公序良俗而被认定为无效。

二、执行程序中的处理

1. 股权的查封与冻结：在刑事判决执行过程中，法院有权对被告人名下的财产进行查封、冻结，包括由第三人代持的股权。法院可以依法向相关登记机构发出协助执行通知书，要求停止办理该股权的转让、过户等手续。
2. 股权的评估与拍卖：为了实现违法所得的追缴或没收，法院可以委托专业机构对代持股权进行评估，并通过拍卖等方式变现。拍卖所得款项将依法上缴国库或返还给被害人。
3. 第三人的权益保护：如果第三人能够证明其对代持股权享有合法权益（如已支付合理对价、不知资金来源违法等），且该权益不受被告人违法犯罪行为的影响，那么第三人可以在执行程序中提出异议，请求法院保护其合法权益。但这种情况较为罕见，且需要第三人提供充分的证据支持。

三、特殊情况的处理

1. 善意取得问题：如果第三人在代持股权时确实不知资金来源的违法性，且已支付合理对价，那么可能构成善意取得。但根据相关法律规定和司法实践，善意取得在刑事追缴程序中往往难以得到支持，因为刑事追缴更侧重于打击犯罪和保护社会公共利益。
2. 涉外因素：如果代持股权涉及境外公司或境外资产，那么执行程序可能更加复杂。此时，需要依据国际条约、双边协定或国内法的相关规定，通过国际司法协助等方式进行追缴。

四、实务建议

1. 对于被告人：应如实供述违法犯罪所得的去向和用途，积极配合法院的执行工作。如果试图通过代持股权等方式逃避法律制裁，将面临更严厉的法律后果。
2. 对于第三人：在接受他人委托代持股权时，应谨慎审查资金来源的合法性。如果发现资金来源可能涉及违法犯罪活动，应立即拒绝并报告相关部门。否则，可能因代持违法所得而承担不必要的法律风险。

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